7. 상호합의 및 APA 승인

7.1 상호합의절차 진행

국세청은 납세자의 쌍방 APA 접수 후, 체약상대국의 과세당국과 상호합의절차를 진행하게 된다. 다만, 신청인이 당초 신청 시 상호합의절차를 필요로 하지 않는 일방 APA를 신청하거나, 다음 사유로 인해 상호합의절차가 중단되어 납세자가 일방 APA 승인을 얻고자 하는 경우에는 국세청은 상호합의절차에 의하지 않고 사전승인을 할 수 있다(국조령§29).

<국조령§28⑧>

∙ 상호합의 중단 사유 ∙

1. 사전승인 신청 접수일부터 3년이 지날 때까지 상호합의가 이루어지지 않아 국세청장이 직권으로 상호합의절차를 중단하는 경우 2. 상호합의절차에 의한 합의가 불가능하여 체약상대국과 상호합의절차를 종료하기로 한 경우

 

7.2 상호합의절차 종료

국세청장은 체약상대국의 권한 있는 당국과의 상호합의절차에서 정상가격산출방법에 관한 합의가 이루어지는 경우에는 이를 토대로 사전승인을 할 수 있다. 합의 내용은 납세자의 APA 신청내용(예 : 정상가격산출방법, 정상가격 범위 등)과 다를 수 있다(국조법§14②).

 

7.3 상호합의결과 동의

상호합의절차에서 체약상대국과 합의가 이루어진 경우 국세청장은 상호합의절차 종료일의 다음 날부터 15일 이내에 합의내용을 신청인에게 통지한다. 이 경우 신청인은 합의내용을 통지 받은 날부터 2개월 이내에 그 동의 여부를 국세청장에게 서면으로 제출해야 한다(국조령§28③,④).

신청인이 과세당국 간 합의내용에 불만족하여 동 기간 내 동의서를 제출 하지 않을 경우 당초의 APA 신청은 철회된 것으로 본다. 상호합의절차에 의한 합의내용과 당초의 APA 신청내용이 동일하지 않더라도 신청인이 합의내용에 동의한 경우에는 그 합의 내용을 처음부터 신청한 것으로 본다(국조령§28⑤,⑦).

국세청장은 신청인의 동의서를 받은 날부터 15일 이내에 APA를 사전승인하고 그 사실을 신청인에게 통지해야 합니다. 국세청장과 거주자는 APA가 승인된 경우 그 승인된 방법을 준수하여야 하고, 신청인이 신청대상연도 중에 사전 승인의 내용에 적합한 신고를 한 경우, 동 신고는 독립기업 간의 정상가격에 의한 것으로 본다(국조법§15①,국조령§28⑥).

 

7.4 일방 APA 승인 등

신청인이 상호합의절차를 거치지 않은 일방 APA를 신청하는 경우에 국세청은 신청일로부터 2년 이내에 사전승인 여부를 결정해야 한다. 일방 APA의 경우에도 쌍방 APA의 사전승인 결정내용의 통지 및 동의 여부, 동의에 따른 승인신청 내용 변경, 사전승인의 통지 및 사전승인 신청의 철회에 관한 규정이 준용된다(국조령§29③,④).

 

 

8. 수정신고 및 경정청구

신청인이 APA 승인내용에 따라 과세표준 및 세액 조정을 받으려면, ‘소득금액 계산특례 신청서’에 국세청장이 발급한 ‘사전승인 통지서’를 첨부하여 통지서를 받은 날부터 3개월 이내에 납세지 관할 세무서장에게 수정신고 또는 경정청구를 하여야 한다(국조법§15②,국조령§31①).

9. 연례보고서 제출

국세청으로부터 사전승인을 받은 납세의무자는 대상 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 12개월 이내에 아래 사항을 포함한 연례보고서를 국세청장에게 제출하여야 한다. 이 경우 신고기한이 지난 과세기간의 연례보고서는 사전승인 이후 최초로 연례보고서를 제출할 때 함께 제출 한다.(국조법§15③,국조령§31①).

<국조령§31①>

∙ 연례보고서에 포함되어야 하는 사항 ∙

1. 사전승인된 정상가격산출방법의 전제가 되는 근거 또는 가정의 실현 여부 2. 사전승인된 정상가격산출방법을 적용하여 산출된 정상가격 및 그 산출 과정 3. 국제거래 거래가격과 정상가격이 다른 경우에는 그 차이에 대한 처리 내용 4. 그 밖에 사전승인 시에 연례보고서에 포함하도록 정한 사항

 

 

10. 사전승인 취소 등

아래사유가 발생한 경우에는 국세청장은 APA 사전승인을 취소하거나 철회할 수 있다(국조령§30①).

<국조령§30①>

∙ APA 사전승인 취소 ∙

1. 자료의 중요한 부분이 제출되지 않거나 거짓으로 작성된 경우 2. 신청인이 사전승인 내용 또는 그 조건을 준수하지 않은 경우 3.사전승인된 정상가격산출방법의 전제가 되는 조건이나 가정의 중요한 부분이 실현되지 않은 경우 4. 관련 법령 또는 조세조약이 변경되어 사전승인 내용이 적절하지 않게 된 경우

 

신청인은 사전승인된 정상가격산출방법의 전제가 되는 조건이나 가정의 중요한 부분이 실현되지 않은 경우 또는 관련 법령 또는 조세조약이 변경되어 사전승인 내용이 적절하지 않게 된 경우에는 처음 APA 내용의 변경 신청을 할 수 있다. 단, 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준 및 세액의 확정 신고기한까지 해당 과세연도를 포함한 그 이후의 잔여 대상기간에 대하여 처음 사전승인 내용의 변경을 신청할 수 있다(국조령§30④). 또한, 신청인은 국세청장의 사전승인을 받기 전까지는 처음의 사전승인신청 내용을 변경하거나 사전승인 신청을 철회할 수 있다(국조령§26④).

 

 

11. APA와 세무조사

일반적으로 세무조사는 납세자의 APA 신청에 의하여 중단되지 않는다. 다만, 납세자가 세무조사대상자로 선정되었더라도 세무조사 사전통지 전에 정상가격산출방법에 대하여 사전승인이 신청된 경우에 한하여, 사전승인신청 대상기간의 국제거래에 대한 이전가격 조사를 유예할 수 있다(국조사무처리규정§81).