| 4. 세무조사 기간 |
| □ 국세기본법 제81조의8 (세무조사 기간)
① 세무공무원은 조사대상 세목･업종･규모, 조사 난이도 등을 고려하여 세무조사 기간이 최소한이 되도록 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사 기간을 연장할 수 있다. <개정 2010.1.1, 2011.12.31, 2014.1.1, 2018.12.31> 1. 납세자가 장부･서류 등을 은닉하거나 제출을 지연하거나 거부하는 등 조사를 기피하는 행위가 명백한 경우 2. 거래처 조사, 거래처 현지확인 또는 금융거래 현지확인이 필요한 경우 3. 세금탈루 혐의가 포착되거나 조사 과정에서 「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 개시하는 경우 4. 천재지변이나 노동쟁의로 조사가 중단되는 경우 5. 제81조의16 제2항에 따른 납세자보호관 또는 담당관(이하 이 조에서 “납세자보호관등”이라 한다)이 세금탈루혐의와 관련하여 추가적인 사실 확인이 필요하다고 인정하는 경우 6. 세무조사 대상자가 세금탈루혐의에 대한 해명 등을 위하여 세무조사 기간의 연장을 신청한 경우로서 납세자보호관등이 이를 인정하는 경우 ② 세무공무원은 제1항에 따라 세무조사 기간을 정할 경우 조사대상 과세기간 중 연간 수입금액 또는 양도가액이 가장 큰 과세기간의 연간 수입금액 또는 양도가액이 100억원 미만인 납세자에 대한 세무조사 기간은 20일 이내로 한다. <신설 2010.1.1> ③ 제2항에 따라 기간을 정한 세무조사를 제1항 단서에 따라 연장하는 경우로서 최초로 연장하는 경우에는 관할 세무관서의 장의 승인을 받아야 하고, 2회 이후 연장의 경우에는 관할 상급 세무관서의 장의 승인을 받아 각각 20일 이내에서 연장할 수 있다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 경우에는 제2항의 세무조사 기간의 제한 및 이 항 본문의 세무조사 연장기간의 제한을 받지 아니한다. <신설 2010.1.1, 2014.1.1, 2014.12.23, 2019.12.31> 1. 무자료거래, 위장･가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있어 실제 거래 내용에 대한 조사가 필요한 경우 2. 역외거래를 이용하여 세금을 탈루(脫漏)하거나 국내 탈루소득을 해외로 변칙유출한 혐의로 조사하는 경우 3. 명의위장, 이중장부의 작성, 차명계좌의 이용, 현금거래의 누락 등의 방법을 통하여 세금을 탈루한 혐의로 조사하는 경우 4. 거짓계약서 작성, 미등기양도 등을 이용한 부동산 투기 등을 통하여 세금을 탈루한 혐의로 조사하는 경우 5. 상속세･증여세 조사, 주식변동 조사, 범칙사건 조사 및 출자･거래관계에 있는 관련자에 대하여 동시조사를 하는 경우 ④ 세무공무원은 납세자가 자료의 제출을 지연하는 등 대통령령으로 정하는 사유로 세무조사를 진행하기 어려운 경우에는 세무조사를 중지할 수 있다. 이 경우 그 중지기간은 제1항부터 제3항까지의 세무조사 기간 및 세무조사 연장기간에 산입하지 아니한다. <신설 2010.1.1> ⑤ 세무공무원은 제4항에 따른 세무조사의 중지기간 중에는 납세자에 대하여 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 질문을 하거나 장부등의 검사･조사 또는 그 제출을 요구할 수 없다. <신설 2017.12.19> ⑥ 세무공무원은 제4항에 따라 세무조사를 중지한 경우에는 그 중지사유가 소멸하게 되면 즉시 조사를 재개하여야 한다. 다만, 조세채권의 확보 등 긴급히 조사를 재개하여야 할 필요가 있는 경우에는 세무조사를 재개할 수 있다. <신설 2010.1.1, 2017.12.19> ⑦ 세무공무원은 제1항 단서에 따라 세무조사 기간을 연장하는 경우에는 그 사유와 기간을 납세자에게 문서로 통지하여야 하고, 제4항 및 제6항에 따라 세무조사를 중지 또는 재개하는 경우에는 그 사유를 문서로 통지하여야 한다. <개정 2010.1.1, 2017.12.19> ⑧ 세무공무원은 세무조사 기간을 단축하기 위하여 노력하여야 하며, 장부기록 및 회계처리의 투명성 등 납세성실도를 검토하여 더 이상 조사할 사항이 없다고 판단될 때에는 조사기간 종료 전이라도 조사를 조기에 종결할 수 있다. <신설 2014.1.1, 2017.12.19> |
4.1 세무조사 기간
조사대상 과세기간 중 연간 수입금액 또는 양도가액이 가장 큰 과세기간의 연간 수입금액 또는 양도가액이 100억원 미만인 납세자에 대한 세무조사 기간은 20일 이내로 한다(국기법§81의8②).
| 즉, 연간 수입금액 또는 양도가액이 100억원 이상인 경우 법적으로 규정된 세무조사 기간은 없고 국세청 내부적으로 외형･사업내용･탈루혐의 등을 감안하여 합리적인 수준에서 세무조사기간을 정하고 있다. |
4.2 세무조사기간 연장
1) 연장사유
세무공무원은 세무조사 기간이 최소한이 되도록 하여야 하지만 아래 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사 기간을 연장할 수 있다(국기법§81의8①).
<국기법§81의8①>
| ∙ 세무조사 기간연장 사유 ∙ |
| 1. 납세자가 장부･서류 등을 은닉하거나 제출을 지연하거나 거부하는 등 조사를 기피하는 행위가 명백한 경우
2. 거래처 조사, 거래처 현지확인 또는 금융거래 현지확인이 필요한 경우 3.세금탈루 혐의가 포착되거나 조사 과정에서 「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 개시하는 경우 4. 천재지변이나 노동쟁의로 조사가 중단되는 경우 5.납세자보호관 또는 담당관이 세금탈루혐의와 관련하여 추가적인 사실 확인이 필요하다고 인정하는 경우 6.세무조사 대상자가 세금탈루혐의에 대한 해명 등을 위하여 세무조사 기간의 연장을 신청한 경우로서 납세자보호관 등이 이를 인정하는 경우 |
2) 연장통지
세무조사 기간을 연장하는 경우에는 그 사유와 기간을 납세자에게 문서로 통지하여야 하고, 세무조사를 중지 또는 재개하는 경우에는 그 사유를 문서로 통지하여야 한다(국기법§81의8⑦).
세무조사기간 연장통지에 있어 문서로 통지하지 아니하고 팩스 및 유선으로 통지한 경우에는 세무조사 후 이 부분이 쟁점이 되는 경우가 있는데 납세자가 세무조사기간 연장을 인식하고 있고 연장기간 동안 별도의 추가자료를 수집한 사실이 없는 경우에는 중대한 위법이 없는 것으로 보아 과세관청의 과세처분을 인정해 주는 판례가 주를 이루고 있다.
| □ 세무조사기간 연장통지를 문서로 받지 못하였다더라도 당초 조사기간에 취득한 자료를 근거로 과세한 경우 중대한 위법성이 있다고 보기 어려움
<조심2022인7566 , 2023.01.19., 기각> 청구인은 이 사건 연장조사에 관하여 문서로 통지받지 못하였고, 이 사건 연장조사의 효력이 없다는 OO청장의 결정에도 불구하고 처분청이 이 사건 연장조사 기간에 확보한 자료를 근거로 이 사건 처분을 하였으므로 위법한 처분이라고 주장하나, ① 처분청과 청구인이 주고받은 이메일 등의 심리자료를 보면 청구인이 이 사건 당초조사 기간 중인 2022.03.10. 처분청에게 쟁점사업장의 사업용계좌 입출금내역을 제출한 점, 처분청은 2022.03.21. AA법인으로부터 쟁점사업장의 사업용계좌 입출금내역을 별도로 제출받아 청구인 제출자료와 비교확인한 것으로 나타나는 점, ② 이 사건 연장조사 기간 중에는 처분청이 내부적으로 확정한 매출누락혐의금액에 대하여 청구인의 소명을 요청한 것에 그친 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면 처분청이 이 사건 연장조사 기간 동안 수집한 특별한 자료가 없어 이 사건 당초조사 기간에 취득한 자료를 기초로 하여 이 사건 처분을 한 것으로 보이고, ③ 처분청이 비록 이 사건 연장조사 사실을 문서로 통지하지 않아 국세기본법 제81조의8 제7항을 위반한 사실이 있다고 하더라도 청구인에게 위 조사기간 연장에 대하여 유선으로 통지함으로써 청구인이 이 사건 연장조사 사실을 인지하고 있었던 것으로 보이므로 처분청이 이 사건 연장조사 사실을 문서로 통지하지 않은 절차적 하자가 이 사건 처분의 위법성에 영향을 미칠 정도로 중대한 것이라고 할 수 없는 것으로 판단되어 위와 같은 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 보인다.
□ 장부, 서류 등을 은닉하거나 지연 제출한 경우 세무조사기간 연장은 정당함 <대법원2011두5223, 2011.06.10., 국승> ① 피고 ○○세무서장은 원고에게 2008.03.17.부터 2008.03.28.까지 세무조사를 실시한다는 사전통지를 하고 세무조사를 시작한 사실, 원고는 2008.03.19. 회계사 백AA에게 세무조사와 관련한 일체의 사항을 위임한 사실, ○○세무서장은 당초의 세무조사 기간 내인 2008.03.25.경에 계좌조회를 통하여 원고가 이 사건 건물 임대차와 관련하여 매출 세금계산서를 교부하지 않고 부가가치세 확정신고시 임대수입을 누락하였음을 밝혀내었으나, 원고가 허위의 임대차계약서를 작성하여 제시하기도 하고 이 사건 건물의 임차인들로 하여금 허위의 진술을 하도록 하는 등 ’조세의 부과징수를 불가능하게 하거나 또는 현저하게 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적 행위’를 함으로써 조세범칙조사 심의위원회에 회부하기로 한 사실, ○○세무서장은 2008.03.26. 위 심의위원회에 회부하고 조세범칙 조사 승인을 받았는데, 그 과정에 조사기간의 연장이 불가피하여 세무조사 기간을 연장하게 된 사실, ○○세무서장은 2008.03.28. 세무조사기간 연장통지서를 원고의 대리인인 백AA에게 팩스로 통지하였고, 백AA이 다음날 이를 원고에게 보여주어 알린 사실, ○○세무서장이 세무조사 기간을 연장한 다음 피고인으로부터 전말서를, 임차인 유BB로부터 확인서를 받은 것 외에는 특별히 다른 자료를 수집하지 아니한 사실을 인정할 수 있다. ② 위 인정사실에 의하면 원고가 장부, 서류 등을 은닉하거나 제출을 지연하거나 거부하는 등 조사를 기피하는 행위가 명백한 경우에 해당한다고 할 것이므로 ○○세무서장이 세무조사 기간을 연장한 것은 정당하다고 할 것이고, 또한 ○○세무서장이 백AA을 통하여 원고에게 적법하게 세무조사기간 연장을 통지하였다 할 것이다{위임장(을제21호증)에 원고가 서명한 바가 없다고 하더라도 원고가 구두로 백AA에게 세무조사와 관련된 사항을 위임한 사실은 인정되므로 백AA에게 세무조사 기간의 연장을 통지한 것은 적법하다}. ③ ○○세무서장이 세무조사 기간을 연장하면서 원고에게 그 사유와 기간을 문서로 통지하지 아니한 것으로 본다고 하더라도, 실제로 원고가 백AA을 통하여 세무조사기간의 연장을 전달받은 점, ○○세무서장이 세무조사 기간을 연장하여 수집한 특별한 자료가 없어 결국에는 원래의 세무조사 기간에 취득한 자료를 기초로 하여 피고들이 과세처분을 한 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 보면, ○○세무서장의 절차 위반이 중대한 것이라고 보기 어렵고, 따라서 그러한 사정만으로는 이 사건 과세처분이 위법하다고 할 수 없다. |
3) 연장기간
최초로 세무조사 기간을 연장하는 경우에는 관할 세무관서의 장의 승인을 받아야 하고, 2회 이상 세무조사 기간을 연장의 경우에는 관할 상급 세무관서의 장의 승인을 받아 각각 20일 이내에서 연장할 수 있다. 다만, 아래 표에 해당하는 경우에는 세무조사 기간의 제한 및 세무조사 연장기간의 제한을 받지 아니한다(국기법§81의8③).
<국기법§81의8③>
| ∙ 세무조사 기간 및 연장기간 제한 배제 사요 ∙ |
| 1. 무자료거래, 위장･가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있어 실제 거래 내용에 대한 조사가 필요한 경우
2. 역외거래를 이용하여 세금을 탈루(脫漏)하거나 국내 탈루소득을 해외로 변칙유출한 혐의로 조사하는 경우 3. 명의위장, 이중장부의 작성, 차명계좌의 이용, 현금거래의 누락 등의 방법을 통하여 세금을 탈루한 혐의로 조사하는 경우 4. 거짓계약서 작성, 미등기양도 등을 이용한 부동산 투기 등을 통하여 세금을 탈루한 혐의로 조사하는 경우 5. 상속세･증여세 조사, 주식변동 조사, 범칙사건 조사 및 출자･거래관계에 있는 관련자에 대하여 동시조사를 하는 경우 |
4.3 세무조사기간 중지
세무공무원은 납세자가 자료의 제출을 지연하는 등 대통령령으로 정하는 사유로 세무조사를 진행하기 어려운 경우에는 세무조사를 중지할 수 있다. 이 경우 그 중지기간은 세무조사 기간 및 세무조사 연장기간에 산입하지 아니한다(국기법§81의8④).
<국기법§81의8④>
| ∙ 세무조사 기간중지 사유 ∙ |
| 1. 세무조사 연기신청 사유에 해당하는 사유가 있어 납세자가 조사중지를 신청한 경우
2. 국외자료의 수집･제출 또는 상호합의절차 개시에 따라 외국 과세기관과의 협의가 필요한 경우 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하여 세무조사를 정상적으로 진행하기 어려운 경우 납세자의 소재가 불명한 경우 ∙ 납세자가 해외로 출국한 경우 ∙ 납세자가 장부･서류 등을 은닉하거나 그 제출을 지연 또는 거부한 경우 ∙ 노동쟁의가 발생한 경우 ∙ 그 밖에 이와 유사한 사유가 있는 경우 4. 납세자보호관 또는 담당관이 세무조사의 일시중지를 요청하는 경우 |
| 실무에 있어 과세관청이 세무조사 기간을 중지하는 경우는 주로 납세자가 장부･서류 등의 제출을 지연하거나 거부하는 경우에 발생한다. 특히, 외국계 기업의 경우 관련 서류가 해외에 있어 의도적이 아니지만 그 시일이 상당히 걸리는 경우가 있기 때문이다. 저자의 경우 외국계 기업이 자료 제출을 거부하여 해당 자료를 외국 과세기관을 통하여 4회에 걸쳐 수집하느라 총 500일 정도 세무조사 기간을 중지한 사례도 있다. |
| □ 세무조사 중지기간에 세무조사를 실시한 것은 중대한 하자에 해당하므로 이 사건 처분은 취소 되어야 함
<대법원2023두33870, 2023.06.01., 국패> 피고들은 이미 원고의 매출누락을 확정하여 종합소득세 경정이 가능한 상황에서 원고의 요청으로 원고에게 유리한 자료를 확인하기 위하여 출장을 나가 병원 의료전산망을 확인한 것이므로 위법하지 않다고 주장하나, ① 원고가 위와 같은 조사를 요청하였다거나 중지기간 중의 조사에 동의하였다고 인정할 만한 객관적 증거가 전혀 없는 점, ② ○○세무서장 소속 공무원들은 2017.09.11. 위와 같이 병원 의료전산망을 열람하다가 원고의 세무대리인 윤EE 세무사의 제지를 받고 조사를 중단하고 철수한 점, ③ 피고 ○○세무서장은 원고가 2017.09.08. 18:01경 제출한 세무조사 중지신청에 따라 변경된 세무조사 기간의 종기인 2017.10.09.이 경과한 2017.10.12. 다시 직권으로 ‘2017.10.01.부터 2017.10.31.까지’ 세무조사를 중지하고 조사기간을 ‘2017.07.25.부터 2017.11.09.까지’로 변경한다고 통지하였다가 2017.10.23.경 원고로부터 절차상 문제 제기를 받고서야 곧바로 위 세무조사 중지를 취소하고 조사를 종결하였는바, 이는 2017.09.11. 이 사건 사업장에 세무조사를 나가기 전에 이미 종합소득세 경정이 가능한 상태여서 추가로 조사를 진행할 필요가 없었다는 피고들의 주장과 배치되는 정황인 점, ④ ○○세무서장의 내부 자료인 ‘중소규모납세자 조사(연장)기간 검토조서’에는 조사기간을 2017.08.26.부터 2017.09.15.까지 21일 동안 연장하는 것으로 결재가 이루어져 있고, ○○세무서장도 2022.04.15.자 준비서면에서는 “2017.08.25.부터 2017.09.15.까지 연장되었으므로 2017.09.11.은 조사기간 중이었다”라고 주장한 바 있어, 과연 ○○세무서장 소속 공무원들이 2017.09.11. 이 사건 사업장에 세무조사를 나감에 있어 세무조사 중지지간 중이라는 인식이 있었는지조차 의심스러운 점 등에 비추어 피고들의 위 주장사실에 부합하는 김AA(조사팀장)의 서면증언은 믿기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로 피고들의 위 주장은 받아들일 수 없다. 본 바와 같이 이 사건 각 처분은 세무조사 중지기간 중에 세무조사를 한 중대한 절차적 하자가 있어 위법하다. 다만 위와 같은 절차상 위법만으로 이 사건 각 처분에 중대하고 명백한 하자가 있어 당연무효라고 인정하기는 어려우므로, 이는 무효 사유가 아닌 취소 사유에 해당한다고 봄이 타당하다. 이 사건 각 처분은 세무조사 중지기간 중에 세무조사를 한 중대한 절차적 하자가 있어 위법하므로 취소되어야 한다. |
