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세무조사 언제 끝나나요? 연장·중지까지 한 번에 정리
최일환 세무사 | 인천 상속 전문세무사
2026-03-24

세무조사 기간 등

  1. 세무조사 기간·연장·중지

1.1 세무조사 기간

조사대상 과세기간 중 연간 수입금액 또는 양도가액이 가장 큰 과세기간의 연간 수입금액 또는 양도가액이 100억원 미만인 납세자에 대한 세무조사 기간은 20일 이내로 한다(국기법§81의8②).

1.2 세무조사 기간 연장

1) 연장사유

세무공무원은 세무조사 기간이 최소한이 되도록 하여야 하지만 아래 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사 기간을 연장할 수 있다(국기법§81의8①).

2) 연장통지

세무조사 기간을 연장하는 경우에는 그 사유와 기간을 납세자에게 문서로 통지하여야 하고, 세무조사를 중지 또는 재개하는 경우에는 그 사유를 문서로 통지하여야 한다(국기법§81의8⑦).

세무조사 기간 연장통지에 있어 문서로 통지하지 아니하고 팩스 및 유선으로 통지한 경우에는 세무조사 후 이 부분이 쟁점이 되는 경우가 있는데 납세자가 세무조사 기간 연장을 인식하고 있고 연장기간 동안 별도의 추가자료를 수집한 사실이 없는 경우에는 중대한 위법이 없는 것으로 보아 과세관청의 과세처분을 인정해 주는 판례가 주를 이루고 있다.

□ 세무조사기간 연장통지를 문서로 받지 못하였다 하더라도, 당초 조사기간에 취득한 자료를 근거로 과세한 경우 중대한 위법성이 있다고 보기 어려움

<조심2022인7566, 2023.01.19., 기각>

청구인은 이 사건 연장조사에 관하여 문서로 통지받지 못하였고, 이 사건 연장조사의 효력이 없다는 OO청장의 결정에도 불구하고 처분청이 이 사건 연장조사 기간에 확보한 자료를 근거로 이 사건 처분을 하였으므로 위법한 처분이라고 주장하나,

① 처분청과 청구인이 주고받은 이메일 등의 심리자료를 보면 청구인이 이 사건 당초조사 기간 중인 2022.03.10. 처분청에게 쟁점사업장의 사업용계좌 입출금내역을 제출한 점, 처분청은 2022.03.21. AA법인으로부터 쟁점사업장의 사업용계좌 입출금 내역을 별도로 제출받아 청구인 제출자료와 비교 확인한 것으로 나타나는 점,

② 이 사건 연장조사 기간 중에는 처분청이 내부적으로 확정한 매출누락혐의금액에 대하여 청구인의 소명을 요청한 것에 그친 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면 처분청이 이 사건 연장조사 기간 동안 수집한 특별한 자료가 없어 이 사건 당초조사 기간에 취득한 자료를 기초로 하여 이 사건 처분을 한 것으로 보이고,

③ 처분청이 비록 이 사건 연장조사 사실을 문서로 통지하지 않아 국세기본법 제81조의8 제7항을 위반한 사실이 있다고 하더라도 청구인에게 위 조사기간 연장에 대하여 유선으로 통지함으로써 청구인이 이 사건 연장조사 사실을 인지하고 있었던 것으로 보이므로

처분청이 이 사건 연장조사 사실을 문서로 통지하지 않은 절차적 하자가 이 사건 처분의 위법성에 영향을 미칠 정도로 중대한 것이라고 할 수 없는 것으로 판단되어 위와 같은 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 보인다.

 

□ 장부, 서류 등을 은닉하거나 지연 제출한 경우, 세무조사기간을 연장한 것은 정당함

<대법원2011두5223, 2011.06.10., 국승>

① 피고 ○○세무서장은 원고에게 2008.03.17.부터 2008.03.28.까지 세무조사를 실시한다는 사전통지를 하고 세무조사를 시작한 사실, 원고는 2008.03.19. 회계사 백AA에게 세무조사와 관련한 일체의 사항을 위임한 사실, ○○세무서장은 당초의 세무조사 기간 내인 2008.03.25.경에 계좌조회를 통하여 원고가 이 사건 건물 임대차와 관련하여 매출 세금계산서를 교부하지 않고 부가가치세 확정신고시 임대수입을 누락하였음을 밝혀내었으나, 원고가 허위의 임대차계약서를 작성하여 제시하기도 하고 이 사건 건물의 임차인들로 하여금 허위의 진술을 하도록 하는 등 ’조세의 부과징수를 불가능하게 하거나 또는 현저하게 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적 행위’를 함으로써 조세범칙조사 심의위원회에 회부하기로 한 사실, ○○세무서장은 2008.03.26. 위 심의위원회에 회부하고 조세범칙 조사 승인을 받았는데, 그 과정에 조사기간의 연장이 불가피하여 세무조사 기간을 연장하게 된 사실, ○○세무서장은 2008.03.28. 세무조사기간 연장통지서를 원고의 대리인인 백AA에게 팩스로 통지하였고, 백AA이 다음날 이를 원고에게 보여주어 알린 사실, ○○세무서장이 세무조사 기간을 연장한 다음 피고인으로부터 전말서를, 임차인 유BB로부터 확인서를 받은 것 외에는 특별히 다른 자료를 수집하지 아니한 사실을 인정할 수 있다.

② 위 인정사실에 의하면 원고가 장부, 서류 등을 은닉하거나 제출을 지연하거나 거부하는 등 조사를 기피하는 행위가 명백한 경우에 해당한다고 할 것이므로 ○○세무서장이 세무조사 기간을 연장한 것은 정당하다고 할 것이고, 또한 ○○세무서장이 백AA을 통하여 원고에게 적법하게 세무조사기간 연장을 통지하였다 할 것이다{위임장(을제21호증)에 원고가 서명한 바가 없다고 하더라도 원고가 구두로 백AA에게 세무조사와 관련된 사항을 위임한 사실은 인정되므로 백AA에게 세무조사 기간의 연장을 통지한 것은 적법하다}.

③ ○○세무서장이 세무조사 기간을 연장하면서 원고에게 그 사유와 기간을 문서로 통지하지 아니한 것으로 본다고 하더라도, 실제로 원고가 백AA을 통하여 세무조사기간의 연장을 전달받은 점, ○○세무서장이 세무조사 기간을 연장하여 수집한 특별한 자료가 없어 결국에는 원래의 세무조사 기간에 취득한 자료를 기초로 하여 피고들이 과세처분을 한 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 보면,

○○세무서장의 절차 위반이 중대한 것이라고 보기 어렵고, 따라서 그러한 사정만으로는 이 사건 과세처분이 위법하다고 할 수 없다.

3) 연장기간

세무조사 기간을 최초로 연장할 때는 관할 세무관서장의 승인을 받아야 하며, 2회 이상 연장하는 경우에는 관할 상급 세무관서장의 승인을 받아 각각 20일 이내에서 연장할 수 있다. 다만, 아래 사유에 해당하는 경우에는 세무조사 기간 및 연장 기간의 제한을 받지 아니한다.(국기법§81의8③).

1.3 세무조사 기간 중지

세무공무원은 납세자가 자료의 제출을 지연하는 등 대통령령으로 정하는 사유로 세무조사를 진행하기 어려운 경우에는 세무조사를 중지할 수 있다. 이 경우 그 중지기간은 세무조사 기간 및 세무조사 연장기간에 산입하지 아니한다(국기법§81의8④).

최일환 세무사 (인천 송도 세무사)

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[국세청 교육원 교수 · 국세청 조사국 과장 출신 세무사]

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