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사업자등록 전 매입세액은 원칙적 불공제
최일환 세무사 | 인천 상속 전문세무사
2026-05-19

  1. 사업자등록 신청 전

사업자등록을 신청하기 전의 매입세액은 불공제한다. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다(부법§39①8).

매입세액 공제 사례

<사실관계>

­ 사업개시일 : 2019.05.10.

­ 사업자등록 신청 : 2019.07.15.

<매입세액 공제가능기간>

공급시기가 속하는 과세기간 말일인 2019.06.30.이 끝난 후 20일 이내에 사업자등록을 신청하였으므로 2019.01.01.부터 2019.07.15.까지의 기간의 매입세액은 주민등록번호로 세금계산서 등을 수취한 경우 매입세액에서 공제가 가능하다.

□ 수익사업 개시 전 ‘고유번호’로 수취한 세금계산서는 등록 전 매입세액으로 매입세액 공제불가함

<조심2024인1924, 2024.08.19., 기각>

청구법인은 쟁점매입세액을 공제받을 수 있다고 신뢰한 데 합리적인 이유가 있으므로 이를 공제받지 못할 매입세액으로 보는 것은 부당하다고 주장하나, 청구법인은 2019.01.23. 수익사업 란을 기재하지 아니한 상태에서 법인으로 보는 단체의 승인신청서를 접수하여 처분청으로부터 고유번호증을 발급받은 점, 청구법인이 발급받은 고유번호증에는 “수익사업을 하고자 하는 경우에는 사업자등록 신청 및 수익사업 개시신고를 하고 납세의무를 이행하여야 한다”고 기재되어 있어 청구법인은 쟁점세금계산서 수취 당시에 사업자등록 신청 및 수익사업 개시신고를 하여야 한다는 사실을 알 수 있었을 것으로 보이는 점, 청구법인은 수익사업 개시신고 등 별도의 사업자등록을 하지 아니한 상태에서 고유번호를 기재하여 쟁점세금계산서를 교부받은 후 2022.01.20.에서야 비로소 사업자등록(수익사업 개시신고)을 신청한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점매입세액을 「부가가치세법」제39조 제1항 제8호에서 규정한 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액에 해당하는 것으로 보아 부가가치세 환급을 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

□ 면세사업자 번호를 사용하여 수취한 과세사업 관련 매입세액은 불공제 대상임

<심사부가2023-0026, 2023.07.12., 기각>

기존 면세사업자를 폐업하고 과세사업자로 사업자등록을 신청하기 전까지는 청구인의 쟁점사업장들이 당초부터 과세사업이었다고 하더라도 부가가치세법에 따른 사업자등록을 한 것으로 볼 수 없으므로, 면세사업자로 사업자등록을 한 기간 중에 교부받은 이 사건 세금계산서 상 매입세액은 부가가치세법 제39조 제1항 제8호에서 규정하는 등록을 하기 전의 매입세액에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수는 없음.

□ 오피스텔(과세)을 면세사업자 번호로 건축하며 수취한 매입세액은 불공제함

<조심2021인6642, 2021.12.27, 기각>

청구인이 면세사업자로 사업자등록을 하고 있던 기간 중 발급받은 매입세금계산서는 ‘사업자등록을 신청하기 전의 매입세액’에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수는 없다고 할 것이므로, 쟁점오피스텔 분양수입에 대한 매입세액공제가 인정되어야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려움

최일환 세무사 (인천 송도 세무사)

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[국세청 교육원 교수 · 국세청 조사국 과장 출신 세무사]

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