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과거엔 비과세사업 안분에 엄격했다
최일환 세무사 | 인천 상속 전문세무사
2026-05-19

  1. 비과세소득

대법원은 2013년 2월 15일 부가가치세법 시행령 개정 이전까지, 부가가치세 대상이 아닌 ‘비과세 사업’을 법령상 ‘면세사업’의 범주에 임의로 포함시켜 공통매입세액을 안분하는 것에 대하여 엄격하게 부정적인 입장을 견지하였다.

당시 대법원은 법적 근거 없이 비과세 사업을 면세사업과 동일하게 취급하여 매입세액을 불공제하는 것은 조세법률주의의 엄격해석 원칙에 위배된다고 판단하였다.

이러한 법리적 혼란을 해소하기 위해, 2013년 2월 15일 이후 공급받는 분부터는 과세사업과 면세사업뿐만 아니라 ‘부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(비과세 사업)’을 겸영하는 경우에도 공통매입세액 안분계산 규정을 적용하도록 부가가치세법 시행령을 개정하였다. 이로써 비과세 사업에 귀속되는 매입세액 역시 실지귀속에 따라 불공제하거나, 귀속이 불분명한 경우 합리적인 안분계산 과정을 거쳐 매출세액에서 제외하도록 명문화되었다.

□ 자회사 자금 대여로 발생한 이자수익은 ‘비과세 사업 대가’로서 공통매입세액 안분 대상임

<조심2022서1451, 2022.03.16., 기각>

공통매입세액 안분계산시 비과세사업을 영위하고 지급받은 대가를 면세사업 수입금액에 포함하여야 하는 것이고, 비과세사업을 영위하고 국가 또는 지방자치단체로부터 지급받은 국고보조금 등은 국가 또는 지방자치단체가 행정상의 목적을 달성하기 위하여 공공단체・경제단체 또는 개인에 대하여 교부하는 돈으로서 사업을 영위한 데 대한 반대급부인 대가로 보기 어려운 측면이 있을 수 있으나, 청구법인이 자회사 등에 대하여 자금을 대여하고 지급받은 쟁점이자수익의 경우 자회사의 경영관리업무에 부수하는 업무인 자회사 등 지원업무의 대가로서 그 일체가 비과세사업의 대가라 할 것임

□ 개정 시행령에 따라 ‘비과세 사업’ 수입도 면세공급가액에 합산하여 공통매입세액 안분함

<조심2020서1594, 2021.11.08., 재조사>

개정된 부가가치세법 시행령 제61조 제1항에서 공통매입세액의 안분계산시 면세사업에 “비과세사업”을 포함하고 있고, 그 개정취지에 “국고보조금 등 부가가치세가 과세되지 않는 부분도 매입세액 공제에 대하여 면세사업과 동일한 기준을 적용하기 위한 것”이라고 명시되어 있어 공통매입세액 안분계산시 위 비과세사업을 영위하고 지급받은 대가를 면세공급가액에 포함하여야 하고, 청구법인의 경우 과세사업에 관련된 매입세액을 별도로 제시하지 아니하여 쟁점매입세액을 전액 공통매입세액으로 볼 수밖에 없다 할 것이다.

최일환 세무사 (인천 송도 세무사)

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[국세청 교육원 교수 · 국세청 조사국 과장 출신 세무사]

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