① 세무조사는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 수행한다. 다만, 납세자의 주된 사업장 등이 납세지와 관할을 달리하거나 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 세무조사를 수행하는 것이 부적절한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우에는 국세청장(같은 지방국세청 소관 세무서 관할 조정의 경우에는 지방국세청장)이 그 관할을 조정할 수 있다. <신설 2014.1.1>

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에 정기적으로 신고의 적정성을 검증하기 위하여 대상을 선정(이하 “정기선정”이라 한다)하여 세무조사를 할 수 있다. 이 경우 세무공무원은 객관적 기준에 따라 공정하게 그 대상을 선정하여야 한다. <개정 2013.1.1, 2014.1.1, 2017.12.19>

1. 국세청장이 납세자의 신고 내용에 대하여 과세자료, 세무정보 및 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」에 따른 감사의견, 외부감사 실시내용 등 회계성실도 자료 등을 고려하여 정기적으로 성실도를 분석한 결과 불성실 혐의가 있다고 인정하는 경우

2. 최근 4과세기간 이상 같은 세목의 세무조사를 받지 아니한 납세자에 대하여 업종, 규모, 경제력 집중 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고 내용이 적정한지를 검증할 필요가 있는 경우

3. 무작위추출방식으로 표본조사를 하려는 경우

③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다. <개정 2011.5.2, 2014.1.1, 2015.12.15>

1. 납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성･교부･제출, 지급명세서의 작성･제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우

2. 무자료거래, 위장･가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우

3. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우

4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

④ 세무공무원은 과세관청의 조사결정에 의하여 과세표준과 세액이 확정되는 세목의 경우 과세표준과 세액을 결정하기 위하여 세무조사를 할 수 있다. <개정 2014.1.1>

⑤ 세무공무원은 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 자에 대해서는 제2항에 따른 세무조사를 하지 아니할 수 있다. 다만, 객관적인 증거자료에 의하여 과소신고한 것이 명백한 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2014.1.1>

1. 업종별 수입금액이 대통령령으로 정하는 금액 이하인 사업자

2. 장부 기록 등이 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업자

<조심2020인8113, 2021.03.15., 기각>

청구인은 자신을 비정기 세무조사 대상으로 선정한 것이 위법하다고 주장하나,

조사청은 쟁점법인의 법인세 세무조사시 2015년 선급금 계정을 검토하던 중, 선급금의 적요(업체 선결제 입금)와 달리 쟁점법인의 자금이 거래처로 지급되지 아니하고 임직원 계좌로 이체된 후, 임직원 명의의 주식이 매입된 사실을 확인하고, 관련인의 진술 등을 종합하여 쟁점주식의 명의신탁 혐의가 있다고 판단하여 청구인과 관련인을 비정기 세무조사 대상자로 선정한 것으로 나타나는바, 그와 같은 사유는 「국세기본법」 제81조의6 제3항 제2호 거래내용에 사실과 다른 혐의가 있는 경우에 해당하는 것으로 보이는 점, 쟁점법인의 세무조사 당시 쟁점법인의 자금이 유출되어 임직원 명의의 주식이 매입된 사실만 확인되었고, 쟁점주식의 실소유자가 쟁점법인인지 청구인인지 단정하기 어려웠을 것으로 보이는바, 청구인을 세무조사 대상자로 선정하여 추가 조사할 필요성이 있었던 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구인을 비정기 세무조사 대상자로 선정한 것에 어떠한 위법이 있다고 보기 어렵다고 판단된다.