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본사 거래 많으면 인건비 인정된다
최일환 세무사 | 인천 상속 전문세무사
2026-04-27

  1. 거래가 있는 경우

국내 본사와 해외 현지법인의 거래 비중이 높다는 것은 현지법인이 본사로부터 주요 원재료를 독점적으로 수입하거나, 생산 제품의 상당 부분을 다시 본사로 수출하는 구조를 의미한다. 이러한 거래 구조 하에서는 해외 파견 직원이 수행하는 원자재 및 제품 검수, 공정 관리, 본사 보유 기술의 현지 이전 및 지도 등의 활동이 실질적으로 국내 본사의 품질 관리 및 수익 창출과 직결될 개연성이 매우 높다.

따라서 파견 직원이 현지법인에 상주하며 생산 활동에 관여하더라도, 그 실질이 본사 제품의 경쟁력을 확보하거나 본사의 공급망(Supply Chain)을 관리하기 위한 것이라면 해당 인건비는 내국법인의 업무와 밀접한 관련이 있는 비용으로 인정받을 수 있다.

1.1 손금인정 사례

이러한 논리적 근거를 바탕으로, 최근 조세심판원은 해외 파견 근로자가 실질적으로 내국법인의 사업 활동 및 수익 창출을 위한 업무를 수행하고 있다고 보아, 해당 인건비의 내국법인 손금 산입을 인정하는 판결을 다수 내놓고 있다.

□ 청구법인 관리감독 하에 청구법인의 매출증대를 위해 해외자회사 등에서 근무하면서 재고자산, 매출 등 관리업무 등을 수행하였으므로 업무무관비용으로 보기 어려움

<조심2025광3456, 2025.12.16., 인용>

처분청은 쟁점파견인력이 해외법인들의 업무만을 수행하였기 때문에 청구법인이 지급한 쟁점인건비는 청구법인의 손금에 해당하지 않는다는 의견이나,

쟁점파견인력은 청구법인 소속 직원들이고 청구법인이 쟁점파견인력에 대한 성과평가를 진행하고 있어 청구법인의 관리·감독 하에서 해외법인들에서 근무한 것으로 보이며, 청구법인이 해외법인들에게 원재료 및 제품을 공급하고 있는 거래구조를 감안할 때 해외법인들은 청구법인의 주요 매출 거래처에 해당하고, 쟁점파견인력이 해외법인들의 재고자산관리, 매출실적관리, 해외 시장동향관리 등을 수행하며 이와 관련한 현황보고 등을 청구법인이 쟁점파견인력에게 지시하거나 쟁점파견인력이 청구법인에게 지속적으로 보고하고 있는 것이 이메일 자료 등을 통해 확인되므로 쟁점파견인력은 청구법인의 매출증대를 위해 해외법인들에서 근무한 것으로 보아야 할 것이므로 청구법인이 분담한 쟁점인건비는 청구법인의 손금에 해당하는 것으로 보인다.

 

□ 해외 단순임가공 현지법인에 파견된 직원이 임가공용역의 핵심업무를 수행하더라도, 내국법인이 이를 계획 및 통제하고 있는 것으로 확인되므로 해당 인건비는 손금에 해당함

<조심2023서7858, 2024.01.23., 인용>

<처분청 의견>

쟁점파견직원은 청구법인의 단순한 위탁가공업자의 품질관리 수준이 아니라, 수탁가공업자인 미얀마현지법인의 임가공용역의 생산부문 전체 영역에서의 주요 핵심업무를 수행하였기에, 미얀마현지법인이 쟁점파견직원에게 쟁점인건비 및 쟁점기타경비를 직접 지급하여야 하는 것인바, 청구법인이 그들에게 지급한 동 금액은 업무무관비용으로 손금불산입하여 법인세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.

(1) 청구법인은 쟁점파견직원 외에 국내에 생산관리를 전담하는 직원들이 별도로 있고, 통상 국내위탁가공업자는 저임금 국가에 소재한 수탁가공업자와 임가공용역계약을 체결하기 전에 반드시 수탁가공업자의 생산능력에 대한 실사를 거쳐, 계약대상 제품의 생산능력(시설·인원·관리), 안전교육, 현지 및 국제규범 준수 여부 등을 확인한 후 요구되는 조건이 충족되는 경우에 계약체결을 하는데, 청구법인이 쟁점파견직원을 미얀마현지법인에 파견하여 생산업무를 수행하였다고 하는 것은 생산능력이 없는 해외법인과 임가공계약을 체결한 결과가 되어 그 계약 자체에 모순이 된다.

(2) 한국안전보건공단 소속 DDD(직원)은 미얀마 현지에서 자신을 안내한 직원은 쟁점파견직원 중 BBB(부장)으로, 미얀마현지법인의 직원이라고 소개를 받았다고 진술하였으며, 쟁점파견직원 중 BBB(부장)의 명함에는 ‘OOO.의 Gernal Manager’로 인쇄되어 있다

(3) 발주처인 일본(바이어)측에서도 별도의 검수업체를 통해 수탁가공업자인 미얀마현지법인이 생산한 제품의 품질·수량 및 납품관리를 하고 있는바, 쟁점파견직원이 청구법인의 업무를 수행하였다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

<판단>

「법인세법」 제19조 제2항에서 손비는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 규정하고 있고, 여기에서 말하는 일반적으로 용인되는 통상적인 비용이라 함은 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하고, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 하는 것(대법원 2009.11.12. 선고 2007두12422 판결, 같은 뜻임)인바, 처분청은 청구법인이 쟁점파견직원에게 지급한 쟁점인건비 및 쟁점기타경비가 사업과 무관한 비용으로 손금불산입대상이라는 의견이나, 청구법인의 이사회회의록 및 국외근로자계약서 등에 의하면 청구법인은 계약기간 동안 쟁점파견직원을 국외근무에 고용하기로 하며 쟁점파견직원은 계약조건에 따라 청구법인을 위한 근로업무에 종사키로 한다는 등으로 약정되어 있는 점, 청구법인과 미얀마현지법인 간 체결한 외주임가공계약서 제1조(계약의 목적)에 “청구법인은 생산계획수립부터, 자재관리, 재단관리, 봉제관리, 완성관리 등의 감독을 할 수 있는 봉제 전문 기술자를 미얀마현지법인와 협의하에 그의 생산공장에 파견을 한다. 생산부터 검사, 완성, 선적 등의 모든 결정은 당사자(청구법인)에서 파견한 직원의 승인을 받은 후 진행을 한다”는 등으로 약정되어 있는 점, 청구법인(국내직원)과 쟁점파견직원 간 업무지시 관련 송수신 메일자료에 의하면 청구법인이 직접 업무지시를 하면 쟁점파견직원이 이에 따라 임무를 수행한 것으로 보이는 점, 조직도, 인력ㆍ설비현황 및 업무내역서 등에 의하면, 청구법인의 국내 생산관리를 전담하는 직원들의 업무는 쟁점파견직원의 업무와 다를 뿐만 아니라, 청구법인과 미얀마현지법인 간 역할이 명확히 구분되어 있는 점, 쟁점파견직원은 미얀마 현지에서 자신을 소개할 때 편의를 위하여 앞면에 청구법인의 직함이 한글로 기재된 명함의 뒷면에 미얀마현지법인의 직함을 영문으로 기재․겸용한 것으로 보이는 점, 청구법인은 쟁점파견직원에 대한 인건비 지급 외에 고용보험가입 및 보험료 납입, 근로소득 연말정산에 따른 갑종근로소득세 신고․납부 등을 한 것으로 나타나는 점, 청구법인의 사업연도별 매출액 및 인건비(쟁점파견직원의 쟁점인건비 및 쟁점기타경비 포함) 내역 등에 의하면 매출액 대비 인건비 비중이 7% 내외로 쟁점파견직원의 인건비 등을 직접 지급․부담하는 것이 업계 관행상 무리라고 볼 수는 없는 점, 청구법인과 동종의 한세실업 등 다수의 국내업체들도 미얀마 소재 임가공업체에 자신의 소속직원을 직접 파견하여 일정한 업무를 수행하게 하고 급여 등을 지급하고 있는 점, 처분청은 청구법인이 아닌 미얀마현지법인과 쟁점파견직원 간 체결된 근로(고용)계약서 또는 급여지급내역 등을 달리 제시하지 못하는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점인건비 및 쟁점기타경비가 청구법인의 업무무관비용에 해당하는 것으로 보아 손금불산입하여 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

 

□ 해외 임가공 자회사에 파견된 해외파견직원이 제공한 용역이 내국법인과 무관하다고 보기 어려우므로, 매출액 비중 등을 재조사하여 안분계산하는 것이 타당함

<조심2023중7780, 2023.12.12.., 재조사>

처분청은 쟁점업무의 전부에 대하여 청구법인이 현지법인에 공급한 국제용역거래로 보았으나,

① 청구법인은 국내 유명브랜드인 고객들로부터 의뢰받은 아웃도어 의류제품을 자신이 100% 출자한 현지법인의 임가공작업을 거쳐 납품하게 되므로, 청구법인으로서는 자신의 수익에 직접적인 영향을 미치는 현지법인을 관리ㆍ감독할 직원이 필요했을 것으로 보이고, 파견인력이 실제로 그와 같은 업무를 수행해 왔던 것으로 보이는 점,

② 처분청 조사결과에서도, 파견인력은 현지법인의 법인장․공장장 등 주요 직책을 맡아 현지법인의 업무를 수행함은 물론, 청구법인의 특허를 이용한 현지법인의 봉제기술 지도, 원단의 부두하역, 물류수송, 원부자재 창고 입출고, 현지공장장과의 협업, 제품의 창고 입출고, 제품검수, 국내 반입업무 등도 함께 수행해 왔던 것으로 나타나는바, 파견인력이 해외 현지에서 수행한 쟁점업무가 청구법인과 무관하게 오로지 현지법인의 독립적인 고유 업무로 한정된다고 단정하기 어려운 점 등에 비추어,

③ 쟁점업무는 청구법인과 현지법인의 공통 업무로 봄이 타당하고, 다만 쟁점업무 중 청구법인의 업무와 관련된 비중을 객관적ㆍ구체적으로 구분할 수 없으므로, 처분청은 양 법인들의 매출액 비중이나 해당 용역의 특성․기능 등 다른 조건까지 고려하여 가장 합리적인 방법으로 재조사하여 안분․계산한 부분만을 청구법인이 현지법인에게 공급한 용역거래로 봄이 타당하다고 판단된다.

 

□ 내국법인의 제품만을 매입하는 해외자회사에 파견된 직원이 해외시장분석 및 시장조사를 수행한 것으로 확인되므로, 해당 인건비는 손금에 해당함

<조심2021전3196, 2022.02.15., 인용>

내국법인의 제품만을 매입하여 판매하는 해외현지법인에 내국법인이 종업원을 파견하면서 급여를 지급하는 경우로서 그 종업원이 사실상 내국법인의 업무에 종사하는 때에는 그 비용을 내국법인의 손금에 산입할 수 있다 할 것인바,

① 해외현지법인은 청구법인의 제품을 현지에서 판매할 목적으로 청구법인이 100% 출자하여 설립한 법인인 점,

② 최AA은 청구법인의 해외영업팀 상무의 직책을 겸직하면서 해외의 현지시장 분석, 경쟁사 제품에 대한 정보수집 및 기술력 분석, 신제품 개발을 위한 시장조사 등을 위해 청구법인에 주기적으로 자료를 보고한 것으로 나타나는 점 등에 비추어

최AA가 해외현지법인의 업무뿐만 아니라 사실상 청구법인의 업무에도 종사한 것으로 보이므로 처분청이 쟁점금액을 청구법인의 업무무관비용으로 보아 손금불산입하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

 

□ 해외파견직원이 내국법인의 고유업무를 일부 수행하였으며, 해외자회사의 영업실적이 내국법인의 경영실적에 반영되므로, 해외파견직원 인건비의 손금산입은 타당함

<조심2016중3804, 2018.05.09., 인용>

청구법인

(한국,1차납품업체)

⇒

100%소유

AAC

(중국,1차납품업체)

↓매출   ↓매출
XX

(한국)

⇒

100% 소유

XXC

(중국)

해외주재원이 해외현지법인의 업무 이외에 청구법인의 직원으로서 고유업무를 수행하였고 해외주재원의 설문조사결과 청구법인 대응업무가 차지하는 비중 등에 비추어 볼 때

① 해외주재원에 대한 인건비 중 청구법인이 부담하는 비율이 통상적인 수준을 벗어났다고 인정할 만한 직접적인 입증자료가 제시되지 않은 점

② 청구법인이 해외주재원을 대상으로 실시한 여러 차례의 설문조사 결과가 있었음에도 불구하고 처분청이 특별히 한 가지의 내부문서만을 근거로 하여 쟁점인건비를 부인하는 것은 과세근거의 객관성 및 신빙성을 충족하였다고 볼 수 없고, 청구법인의 업무비중이 실제 어느 정도인지를 뒷받침할 만한 객관적인 근거자료를 입증하지 못하는 점

③ 해외현지법인은 청구법인이 출자한 자회사들로 경제적 관점에서 본사의 지역사업부에 불과하고 기업회계상 해외현지법인의 경영실적과 연결하여 연결재무상태표를 작성·보고하고 해외현지법인의 경영실적이 곧 청구법인의 경영실적에 반영되므로 쟁점인건비가 청구법인의 수익과 많은 관련성이 있는 점 등에 비추어

처분청이 쟁점인건비를 업무와 관련없는 비용으로 보아 손금불산입하여 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

 

□ 사용료는 수취하는 해외자회사에 파견한 직원 인건비를 내국법인이 지급하기로 한 계약서 및 적정한 원재료 판매가격을 고려할 때, 해외파견직원 인건비 손금산입은 타당함

<조심2014전2612, 2015.06.02., 인용>

내국법인이 국외투자법인에 종업원을 파견하면서 급여를 지급하는 경우로서 그 종업원이 사실상 내국법인의 업무에 종사하는 때에는 그 비용을 내국법인의 손금에 산입할 수 있다고 할 것인바,

① 현지법인은 청구법인이 단독 또는 공동으로 투자하여 설립한 법인인 점, 청구법인과 현지법인 간 기술이전계약과 직원파견에 대한 업무협력 약정에 의하면 청구법인이 플라스틱용 도료 제조기술을 현지법인에게 이전하고 현지법인은 총매출액의 3%에 해당하는 기술료를 청구법인에게 지불하며, 기술이전을 위해 파견한 인건비는 청구법인이 부담한다고 되어 있는 점,

② 청구법인이 지급한 쟁점인건비와 현지법인으로부터 수수한 기술료 수입 및 원재료 매출이익을 비교해 보면 청구법인이 파견직원에게 지급한 인건비를 보전할 목적으로 원재료 판매가격의 수준을 결정한 것으로 보이는 점,

③ 현지법인에서 생산된 문서에 의하면 파견직원이 현지법인의 경영 및 재무실적에 관한 정보, 해외시장 동향에 관한 정보 등을 청구법인에게 지속적으로 보고한 것으로 나타나는 점 등에 비추어

파견직원은 청구법인이 경영참가·기술이전 및 지도 등의 목적으로 파견한 인력으로서 청구법인과 현지법인의 업무를 동시에 수행하고 있다고 볼 수 있으므로 파견직원이 실제로 수행한 업무내역을 재조사하여 그 결과에 따라 청구법인이 부담해야 할 인건비를 손금에 산입함이 타당하다고 판단된다.

 

□ 해외현지법인의 생산·인사·품질 감독, 해외현지법인 재무정보 및 현지 시장정보 수집보고 등의 업무를 수행한 해외파견직원의 인건비는 손금에 산입할 수 있음

<조심2014전3475, 2015.07.27., 인용>

내국법인이 그 해외현지법인에 임직원을 파견하여 해외현지법인의 생산과 경영 등을 지원하게 하면서 인건비를 부담하는 경우로서 당해 임직원이 사실상 내국법인의 업무에 종사하는 경우에는 당해 비용을 내국법인의 손금에 산입할 수 있는 것인바,

① 청구법인은 풍력발전설비 제조 및 관련기술 개발업을 영위하는 법인으로서, 국내에는 공장 및 생산시설이 없어 자회사인 해외현지법인에게 풍력발전설비 등을 위탁생산하여 제3자에게 판매하고 있고, 해외현지법인의 직원 대부분이 현지인이므로, 해외현지법인의 시장상황, 재무상태 및 손익현황에 따라 본사인 청구법인의 자산, 부채 및 손익이 상당한 영향을 받게 되기 때문에 해외현지법인의 차질 없는 제품 생산을 위해서는 생산·인사·품질 등 전반적인 업무에 대한 철저한 감독 및 관리, 해외현지법인 재무정보 및 현지 시장정보의 수집·보고 등의 업무가 불가피하며, 이를 위해 숙련된 기술 및 업무경험을 갖춘 청구법인의 임직원을 파견하여 해외현지법인의 업무를 총괄하면서 이에 대한 상황을 본사에 보고하도록 할 필요가 있었던 것으로 보이는 점,

② 처분청은 청구법인이 지급한 쟁점급여를 쟁점해외현지법인이 부담하여야 할 것으로 보았으나, 처분청이 제시하는 자료만으로는 쟁점해외파견자가 청구법인의 업무와 무관하게 쟁점해외현지법인의 업무에만 종사하였다는 등 쟁점급여를 청구법인의 손금에서 제외하여야 할 만한 특별한 사정이 있다고 보기 어려운 점,

③ 쟁점해외파견자는 쟁점해외현지법인에 파견된 기간 중에도 청구법인의 취업규칙 등의 적용을 받고, 청구법인의 지휘·감독하에 업무를 수행하며, 청구법인의 고용보험상 피보험자로 등록되어 있고, 청구법인으로부터 수취한 급여에 대해 근로소득세가 원천징수되는 등 여전히 청구법인과 고용관계가 유지되고 있는 것으로 보이는 점,

④ 청구법인이 쟁점해외파견자에게 지급한 쟁점급여가 파견직원이 국내 업무를 수행하였을 경우 받을 수 있었던 임금 상당액의 범위를 벗어난 것을 볼 수 있는 객관적인 증빙자료가 없고, 청구법인이 국내보다 임금수준이 낮은 쟁점해외현지법인 직원과의 급여 차이를 실비변상하는 목적으로 쟁점해외파견자에게 쟁점급여를 지급함으로써 임직원의 국외파견을 용이하게 할 수 있었던 것으로 보이는 점 등에 비추어

국조법의 정상가격에 의한 과세조정 규정에 따라 쟁점해외파견자를 파견함으로써 청구법인이 쟁점해외현지법인에게 제공한 용역과 관련하여 수수료를 받지 않은 사실에 대해 적정수수료 산정 및 익금산입하여 과세하는 것은 별론으로 하더라도, 청구법인이 쟁점해외파견자에게 지급한 쟁점급여가 「법인세법」상 업무무관비용에 해당한다 하여 이를 손금부인한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

 

□ 내국법인의 해외파견직원 인건비 지급비율이 국내모회사의 매출비율보다 낮으므로, 손금산입은 정당함

<조심2015서1673, 2016.07.11., 인용>

① 파견직원은 현지법인 및 본사와 이중으로 고용계약을 체결함으로써 청구법인의 직원으로서 고용관계가 계속 유지되고, 파견국 및 인접국가의 동향 파악, 신규개발 가능분야 모색, 투자기회 발굴, 정부 등 공공기관 입찰 정보 제공, 잠재적 수요가 및 공급선 개발 등으로 본사 업무를 수행한 사실이 “거래처와 미팅후 본사에 보고한 미팅메모”, “본사에 매주 보고한 주간업무보고(2011년분 중 샘플)”, “주재국 정보동향 보고” 등의 증빙에 의하여 확인되는 점,

② 파견직원은 적어도 해외현지법인의 전체 매출액 중 본사와 관련된 매출액 정도는 청구법인의 업무에 직·간접적으로 기여하였다고 볼 수 있고, 그 비율이 청구법인이 실제 부담한 파견직원 인건비 비율보다 높은 점,

③ 파견직원은 여전히 청구법인과 고용관계가 유지하고 있으므로, 비록 해외 현지법인에 파견되어 급여체계는 변동되더라도 근로장소 및 근로형태에 따라 차등적으로 퇴직금 및 사회보험제도를 적용받지 않도록 함으로써 임직원의 국외파견을 용이하게 하고, 청구법인과 해외 판매활동 등을 원만히 이행할 수 있게 한 점,

④ 파견직원이 청구법인의 업무와 전혀 무관하게 해외현지법인의 업무에만 종사하였다는 등 쟁점인건비를 청구법인의 손금에서 제외하여야 할 만한 특별한 사정이 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어

해외현지법인 주재원 인건비를 업무무관비용으로 손금불산입한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

1.2 손금불인정 사례

하지만 아래와 같이 해외자회사가 임가공한 제품을 매입하여 제3자에게 판매한 경우로서 거래 비중이 높음에도 불구하고, 과세당국이 해외파견직원의 업무에 대하여 세부적으로 업무내용을 확인하여 내국법인과 해외자회사 업무를 구분하고 해외자회사 업무부분에 대한 인건비만 업무무관경비로 손금불산입한 것은 합리적이라고 판단한 경우도 있다.

최일환 세무사 (인천 송도 세무사)

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