2. 의제매입세액의 계산

2.1 의제매입세액 공제액

면세농산물 등의 가액에 다음 표의 구분에 따른 율을 곱하여 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다.

□ 면세농산물 등의 의제매입세액 = 면세농산물 등의 가액 × 공제율

		∙ 의제매입세액 공제율 ∙
구 분				공제율
				2018.12.31.이전		2019.01.01.이후
1.음식점업	가. 개별소비세법 제1조 제4항에 따른 과세 유흥장소의 경영자			104분의 4		102분의 2
	나. 가목 외의 음식점을 경영하는 사업자 중 개인사업자			108분의 8*1		108번의 8 (과세표준 2억원 이하 : 2026년 12월 31일까지 109분의 9)
	다. 가목 외의 음식점을 경영하는 사업자 중 나목 외의 사업자			106분의 6		106분의 6
2.제조업	가. 과자점업, 도정업, 제분업 및 떡류 제조업 중 떡방앗간을 경영하는 개인사업자			104분의 4 (조세특례제한법 제5조 제1항에 따른 중소기업 및 개인사업자에 한함)		106분의 6
	나. 가목 외의 제조업을 경영하는 사업자 중 조세특례제한법 제5조 제1항에 따른 중소기업 및 개인사업자					104분의 4
	다. 가목 및 나목 외의 사업자					102분의 2
*1 : 음식점업 나목 공제율 변동
2013.07.01. ∼ 2017.12.31.			2018.01.01. ∼ 2018.12.31.
108분의 8			108분의 8 (과세표준 2억원 이하인 경우 : 2019년 12월 31일까지 109분의 9)
부령§84①			부법§42

□ 대형마트 내 직접 조리 식품 판매는 ‘음식점업’에 해당 <수원지방법원2014구합58045, 2016.05.18., 국패> <서울고등법원2016누49503, 2016.12.20., 국패완료> 직접 조리한 음식을 최종소비자인 고객에게 제공하고 있으므로, 접객시설유무와 관련없이 이 사건 산업활동은 제조업이 아니라 음식점업에 해당함 ☞ 대법원 진행 중 국가에서 직권취소 종결됨 □ 유흥주점 면허 업체는 실질 접객 여부와 관계없이 ‘유흥주점’ 업종 적용 <조심2013중1247, 2013.08.27., 기각> 청구인은 YY시장으로부터 쟁점사업장에 대하여 유흥주점영업의 영업허가를 받았고, 식품위생법의 소관부처인 보건복지가족부에서 식품위생법령상 유흥주점 영업으로 허가를 받은 업소에서 유흥접객원을 두지 아니하고 유흥시설을 갖추지 아니하였더라도 유흥주점에 해당한다고 봄이 타당하다고 해석한 점으로 볼 때, 처분청에서 쟁점사업장이 유흥주점에 해당한다고 보아 104분의 4의 의제매입세액공제율을 적용하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분에는 잘못이 없다고 판단됨

2.2 면세농산물 등의 가액

해당 과세기간에 해당 사업자가 면세농산물등과 관련하여 공급한 과세표준에 다음의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다(부령§84②).

의제매입세액 공제 원재료의 가액은 다음과 같다(부통칙42­84­2).

① 의제매입세액의 공제대상이 되는 원재료의 매입가액은 운임 등의 부수비용을 제외한 매입원가로 한다.

② 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자가 제조･채취･채굴･재배･양식 그 밖의 이와 유사한 방법에 의하여 취득한 면세 원재료가액은 소득세법 시행령 제89조(자산의 취득가액) 또는 법인세법 시행령 제72조 제2항(자산의 취득가액)에 따라 계산된 취득가액으로 한다.

의제매입세액 계산

사례

<사실관계>

XX법인은 중소기업에 해당하며 과일도매업과 통조림 제조･판매업을 겸영하고 있다. 다음 자료에 따라 의제매입세액 공제액을 계산하시오.

∙2019.1기 과일 매입액 : 200,000천원

-2019.1기 과일 매입분 사용내역 : 판매 57,200천원, 통조림 제조 61,200천원, 재고 81,600천원

∙2019.1기 과세기간 공급가액 : 150,000천원

-과일공급가액 : 60,000천원, 통조림 공급가액 : 90,000천원

<의제매입세액 계산>

∙면세농산물 등 가액 : 110,160천원

-사용분 : 61,200천원

-재고분 : 81,600천원 × 90,000천원 / 150,000천원 = 48,960천원

∙면세농산물 등 가액 한도 : 27,000천원

-90,000,000 × 30% = 27,000천원

∙의제매입세액 공제액 : 1,038,460원

-27,000천원 × 4/104 = 1,038,460원

2.3 제조업 면세농산물 등 한도계산 특례

일정 요건을 모두 충족하는 사업자는 제2기 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고할 때, 1역년에 공급받은 면세농산물 등의 가액에 공제율을 곱한 금액에서 제1기 과세기간에 제1항 및 제2항에 따라 매입세액으로 공제받은 금액을 차감한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다(부령§84③).

1) 한도 특례 요건

① 제1기 과세기간에 공급받은 면세농산물 등의 가액을 1역년에 공급받은 면세농산물 등의 가액으로 나누어 계산한 비율이 100분의 75 이상이거나 100분의 25 미만일 것

② 해당 과세기간이 속하는 1역년 동안 계속하여 제조업을 영위하였을 것

2) 1역년 매입세액공제

□ 1역년 매입세액공제 (1역년 면세농산물 등 가액 × 공제율) – 제1기 과세기간 공제액

3) 1역년 매입세액 공제 한도

1역년에 면세농산물 등과 관련하여 공급한 과세표준 합계액에 다음의 일정률을 곱한 금액을 매입세액 공제 한도로 한다.

2.4 의제매입세액 재계산

매입세액으로서 공제한 면세농산물 등을 그대로 양도 또는 인도하거나 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업, 그 밖의 목적에 사용하거나 소비할 때에는 그 공제한 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하여야 한다(부령§84④).

□ 기내식 제조용 농산물의 공제 한도는 ‘외국항행용역 과세표준’을 기준으로 함 <서면2014법령해석부가21630, 2015.02.13.> 항공기에 의한 외국항행용역을 제공하는 사업자가 면세로 구입한 면세농산물등을 원료로 기내식을 제조하여 항공기 탑승객에게 자기의 사업에 부수하여 공급하는 경우, 부가가치세법 시행령 제84조 제1항에 따른 의제매입세액공제 한도액을 계산함에 있어 “해당 과세기간에 해당 사업자가 면세농산물등과 관련하여 공급한 과세표준”은 외국항행용역의 과세표준이 되는 것입니다. □ 계열사에 공급한 사료 등 ‘자가공급(의제공급) 시가’도 의제매입 공제 한도액 계산 과세표준에 포함됨 <법규부가2014-87, 2014.08.26.> 사료회사의 의제매입세액 공제 한도액 계산 시, 면세농산물 등과 관련하여 공급한 과세표준은 사료회사가 외부에 판매한 사료의 공급가액과 가축계열화사업자에게 공급한 사료의 시가를 합한 금액으로 하는 것임 □ 법인 분할 전 모회사의 매출 실적은 분할 신설법인의 의제매입 공제 한도에 합산 불가함 <조심2023중0475, 2023.04.06., 기각> 청구법인은 모회사에서 발생한 과세표준을 반영하여 청구법인의 의제매입세액 공제한도 등을 산정하여야 한다고 주장하나, 동 과세표준과 관련하여 청구법인의 매출로 인식하여 부가가치세 등을 신고·납부한 사실이 확인되지 아니한 점, 「부가가치세법」제42조 제1항 및 같은 법 시행령 제84조 제2항에 의하면, “해당 과세기간에 해당 사업자가 면세농산물 등과 관련하여 공급한 과세표준”에 소정의 한도율을 적용하여 의제매입세액 공제한도를 산정하도록 규정하고 있어 청구법인의 설립 이전에 모회사에서 발생한 과세표준의 경우 청구법인(해당 사업자)이 공급한 과세표준으로 보기 어려우므로 이를 제외하여 청구법인의 의제매입세액 공제한도 등을 산정함이 타당한 것으로 해석되는 점 등에 비추어 의제매입세액 공제한도 등을 재산정하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

최일환 세무사 (인천 송도 세무사)

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[국세청 교육원 교수 · 국세청 조사국 과장 출신 세무사]

■ 개인사업자 · 법인사업자 세무기장 전문

■ 세무조사 대응 및 조사 수임

■ 상속세 · 증여세 신고 전문

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