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세금계산서를 늦게 받으면 매입세액 공제를 못 받을 수 있습니다
최일환 세무사 | 인천 상속 전문세무사
2026-06-04

세금계산서를 제때 받지 아니하면
매입세액을 공제받지 못할 수도 있다.

출처 : 국세청 – 26년 세금 가이드 1권

방문일 씨는 건축업자와 공사비 11억 원에 상가건물을 신축
하기로 계약한 다음 건축을 완료하여 2024년 4월에 준공검사까지
마쳤으나, 자금사정이 여의치 않아 2025년 2월에야 공사비를
지급하고 이때를 작성일자로 하여 세금계산서도 발급받았다.

그 후 방문일 씨는 부가가치세를 환급받기 위해 1억 원의 환급
신고를 하였으나, 세무서에서는 사실과 다른 세금계산서라고 하여
환급을 거절하고, 오히려 가산세 1천5백만 원까지 부과하였다.

방문일 씨가 부가가치세를 환급받지 못한 이유는 무엇일까?

세금계산서는 사업자가 재화나 용역을 공급하고 거래상대방으로부터
부가가치세를 징수하였음을 증명하는 증빙자료로서, 송장 및 영수증의
기능을 하고 있는 중요한 서류이다.

그렇기 때문에 부가가치세법에서는 재화 또는 용역의 공급 시기에 세금
계산서를 주고받도록 규정하고 있으며, 이를 어길 때에는 다음과 같은
불이익을 주고 있다.

● 공급 시기가 속한 과세기간의 확정신고기한 내에 발급받는 경우
예를 들어 2024년 4월에 물품을 구매하고 세금계산서는 2024년 6월에 받는 경우,
판매자에게는 공급가액의 1%, 매입자에게는 0.5%의 가산세가 부과된다.

공급 시기가 속한 과세기간의 확정신고기한이 지나서 발급받는 경우
예를 들어 2024년 4월에 물품을 구매하고 세금계산서는 과세기간의
확정신고기한이 지난 후인 다음 해인 2025년 2월에 발급받는 경우,
원칙적으로 판매자에게는 공급가액의 2%의 가산세를 물리고, 매입자에게는
매입세액을 공제해 주지 않는다.

다만, 공급 시기가 속하는 확정신고기한의 다음 날부터 1년 이내에 세금
계산서를 발급받으면 수정신고·경정청구 또는 과세관청의 결정·경정으로
매입세액 공제가 가능하다.

만약 매입자가 매입세액을 공제받을 수 없는데도 매입세액을 공제하여
신고하면, 매입세액의 10%에 해당하는 신고불성실 가산세 및 공급가액의
0.5%에 상당하는 매입처별 세금계산서합계표 불성실 가산세와 함께 과소
납부금액에 대한 납부지연 가산세가 부과된다.

위 사례의 경우, 건물을 신축하는 경우에는 준공검사를 마치면 용역의 제공이
완료된 것으로 보므로, 방문일 씨는 준공검사를 마친 2024년 4월에 세금계산서를
발급받았어야 했다.

그런데, 방문일 씨는 과세기간이 다른 2025년 2월에 세금계산서를 발급받았기
때문에 매입세액 공제를 받지 못한 것이다.

또한, 매입세액을 공제받을 수 없는데도 이를 공제하여 환급신청을 하였으므로
신고불성실가산세 1천만 원과 매입처별 세금계산서합계표 불성실가산세 5백만 원
까지 부과된 것이다.

위에서 보는 바와 같이 세금계산서는 반드시 재화 또는 용역의 공급
시기에 주고받아야 불이익을 받지 않는다.

설령 재화 또는 용역의 공급 시기에 대금을 지급하지 못하더라도 세금
계산서는 제때에 주고받아야 한다.

최일환 세무사 (인천 송도 세무사)

[국세청 교육원 교수 · 국세청 조사국 과장 출신 세무사]

■ 개인사업자 · 법인사업자 세무기장 전문

■ 세무조사 대응 및 조사 수임

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