⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다. <개정 2011. 12. 31., 2016. 12. 20., 2017. 12. 19., 2018. 12. 31., 2019. 12. 31., 2020. 12. 22., 2021. 12. 21., 2022. 12. 31.>

1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구 또는 「행정소송법」에 따른 소송에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우: 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년

1의2. 제1호의 결정이나 판결이 확정됨에 따라 그 결정 또는 판결의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 세목(같은 과세기간으로 한정한다)이나 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정한다)의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우: 제1호의 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년

1의3. 「형사소송법」에 따른 소송에 대한 판결이 확정되어 「소득세법」 제21조제1항제23호 또는 제24호의 소득이 발생한 것으로 확인된 경우: 판결이 확정된 날부터 1년

2. 조세조약에 부합하지 아니하는 과세의 원인이 되는 조치가 있는 경우 그 조치가 있음을 안 날부터 3년 이내(조세조약에서 따로 규정하는 경우에는 그에 따른다)에 그 조세조약의 규정에 따른 상호합의가 신청된 것으로서 그에 대하여 상호합의가 이루어진 경우: 상호합의 절차의 종료일부터 1년

3. 제45조의2제1항･제2항･제5항 및 제6항 또는 「국제조세조정에 관한 법률」 제19조제1항 및 제33조제2항에 따른 경정청구 또는 같은 법 제20조제2항에 따른 조정권고가 있는 경우: 경정청구일 또는 조정권고일부터 2개월

4. 제3호에 따른 경정청구 또는 조정권고가 있는 경우 그 경정청구 또는 조정권고의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 과세기간의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우: 제3호에 따른 경정청구일 또는 조정권고일부터 2개월

5. 최초의 신고･결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그 거래･행위 등과 관련된 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)에 의하여 다른 것으로 확정된 경우: 판결이 확정된 날부터 1년

6. 역외거래와 관련하여 제1항에 따른 기간이 지나기 전에 「국제조세조정에 관한 법률」 제36조제1항에 따라 조세의 부과와 징수에 필요한 조세정보(이하 이 호에서 “조세정보”라 한다)를 외국의 권한 있는 당국에 요청하여 조세정보를 요청한 날부터 2년이 지나기 전까지 조세정보를 받은 경우: 조세정보를 받은 날부터 1년

⑦ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 제6항제1호의 결정 또는 판결에 의하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우에는 당초의 부과처분을 취소하고 그 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년 이내에 다음 각 호의 구분에 따른 자에게 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다. <신설 2019. 12. 31., 2022. 12. 31.>

1. 명의대여 사실이 확인된 경우: 실제로 사업을 경영한 자

2. 과세의 대상이 되는 재산의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있다는 사실이 확인된 경우: 재산의 사실상 귀속자

3. 「소득세법」 제119조 및 「법인세법」 제93조에 따른 국내원천소득의 실질귀속자(이하 이 항에서 “국내원천소득의 실질귀속자”라 한다)가 확인된 경우: 국내원천소득의 실질귀속자 또는 「소득세법」 제156조 및 「법인세법」 제98조에 따른 원천징수의무자

<대법원2018두57896, 2018.12.13., 국승>

납세자가 항고소송 등 불복절차를 통하여 당초의 부과처분을 다투고 있는 경우에 납세고지의 하자를 보완하여 다시 부과처분을 하는 것은, 그 불복절차의 계속 중 언제든지 가능하고 이 경우에는 구 국세기본법 제26조의2 제1항의 제척기간이 적용되지 아니한다고 봄이 상당함

① 구 국세기본법 제26조의2 제2항의 규정 내용, 위 규정의 입법 취지, 위 규정을 오로지 납세자를 위한 것이라고 보아 납세자에게 유리한 결정이나 판결을 이행하기 위하여만 허용된다고 볼 근거는 없는 점 등에 비추어 제척기간이 만료되면 과세권자로서는 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없음이 원칙이나, 납세자가 항고소송 등 불복절차를 통하여 당초의 부과처분을 다투고 있는 경우에 과세관청이 납세자의 불복내용의 전부 또는 일부를 받아들여 당초의 부과처분을 감액경정하거나 취소하는 것은 물론 납세고지의 하자를 보완하여 다시 부과처분을 하는 것은, 그 불복절차의 계속 중 언제든지 가능하고 이 경우에는 구 국세기본법 제26조의2 제1항의 제척기간이 적용되지 아니한다고 봄이 상당한 점(대법원 1996.05.10. 선고 93누4885 판결, 2002.09.24. 선고 2000두6657 판결, 2011.10.27. 선고 2010두5127 판결 참조),

② 피고가 2016.05.13. 선행 사건에서의 위 판결에 따라 납세고지의 하자를 보완하여 다시 이 사건 2007년 가산세 부과처분을 한 이후 위 판결이 확정되었다 하더라도, 피고가 선행 사건의 계속 중으로서 위 판결이 확정된 날부터 1년이 경과되기 전인 2016.05.13. 이 사건 2007년 가산세 부과처분을 한 이상 구 국세기본법 제26조의2 제1항의 제척기간은 적용되지 아니하는 점,

③ 이 사건 2007년 가산세 부과처분이 원고의 주장과 같이 위 판결이 확정되기 전에 이루어졌다는 이유로 구 국세기본법 제26조의2 제2항이 적용되지 아니하고 구 국세기본법 제26조의2 제1항의 제척기간이 적용된다고 보기 어려운 점 등을 종합하면,

이 사건 2007년 가산세 부과처분은 원고의 주장과 같이 국세부과의 제척기간이 도과된 후에 이루어진 것으로 위법하다고 할 수 없다.

□ 특례부과제척기간이 적용되는 행정소송은 과세관청 처분에 대한 불복쟁송을 의미함

<서면2016법령해석기본5889, 2017.05.23.>

특례부과제척기간이 적용되는 「행정소송법」에 따른 소송에 대한 판결은 과세관청의 처분에 대하여 불복을 의미하는 것이고, 모든 행정소송을 의미하는 것은 아님

□ 특례부과제척기간은 확정판결에서 결정된 사안에만 적용되는 것임

<대법원2012두22126, 2015.01.29.>

(내용발췌) 국세기본법에서 행정소송법에 의한 소송에 대한 판결이 확정된 날로부터 1년이 경과하기 전에 해당 판결에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있다는 규정은, 특수한 제척기간 적용사유로서 행정소송법에 의한 소송에 대한 ‘확정판결’을 명시하고 있고, 대법원 또한 ‘확정판결’에서 결정된 사안에서만 국세기본법 제26조의2 제2항을 적용하는 것임

□ 재조사 결정 내용에 따라 발생한 지급조서 관련 가산세에도 특례부과제척기간이 적용되는 것임

<조심2019서0145, 2020.01.30., 기각>

청구인은 이 건 처분이 1차 처분과는 세목, 귀속연도, 과세단위가 다른 원천세 부과처분 및 가산세 부과처분이어서 특례부과제척기간이 적용되는 “해당 결정에 따른 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분”에 해당하지 아니하고, 불이익변경금지원칙을 위반한 처분이라고 주장하나,

「국세기본법」 제26조의2 제2항 제1호에 따르면 심판청구 등에 따른 결정 등이 확정된 경우에는 결정 등이 확정된 날로부터 1년이 지나기 전까지 경정결정이나 그 밖에 ‘필요한 처분’을 할 수 있도록 규정하고 있는바, 처분청이 우리원의 당초결정에 따라 재조사를 실시하여 쟁점경비 중 일부를 부외경비로 인정하여 필요경비에 산입하면서 청구인이 해당 금액에 대해 원천징수의무 및 지급조서 제출의무를 이행하지 아니한 것에 대해 이 건 처분을 한 것이므로 이 건 처분이 우리원의 당초결정과는 완전히 별개의 처분이라고 하기는 어려우므로 이 건 처분이 「국세기본법」 제26조의2 제2항 제1호의 특례부과제척기간(1년)이 적용되는 필요한 처분에 해당하지 아니한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵고, 당초결정일부터 특례부과제척기간 1년 이내에 행한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

<조심2014중3478, 2015.12.28., 인용>

이 건 과세처분은 국세부과제척기간 경과 후 이루어진 것이고, 이 건 처분의 근거가 된 대법원 판결은 원심판결을 파기하고 사건을 서울고등법원에 환송한다는 것으로 청구법인의 청구를 기각하는 내용의 것이어서 국세기본법 제26조의2 제2항에 해당하는 소정의 판결로 볼 수 없는 점, 청구법인의 청구를 기각하는 내용의 것인 점 등에 비추어 이 건 과세처분은 국세부과제척기간 경과 후 및 소멸시효 완성 후 이루어진 것이므로 과세한 처분은 잘못이 있다.

□ 과세단위가 다르면 특례제척기간이 적용되지 아니함

<대법원2020두38447, 2020.08.27., 국패>

확정된 결정이나 판결의 기판력이 미치는 범위는 그 쟁송대상이 되었던 과세단위에 제한될 뿐이고 이를 넘어서 별개의 과세단위에 관련된 판단이 이루어졌다고 하더라도 이러한 판단에 기판력이 있다고 할 수 없으므로 그러한 판단을 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있는 근거가 되는 특례규정상의 ‘해당 결정･판결’에 해당한다고 할 수 없음

□ 세목이나 과세단위를 달리하는 경우 특례부과제척기간을 적용할 수 없음

<대법원2020두37602, 2020.06.25., 국패>

조세심판원은 2017. 12. 11. 이 사건 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 심판청구에 대하여 원고의 차량판매대금 중 영업사원할인액(영업사원이 대납한 가액)이 부가가치세 과세표준에서 제외되어야 함을 이유로 위 부가가치세 부과처분을 취소하는 결정을 하였고, 조세심판원의 이러한 판단은 원고의 2011 사업연도 법인세 소득금액 산정과 관련이 있으나, 2011 사업연도 법인세에 대한 증액경정 처분은 위 조세심판 결정의 심판대상인 이 사건 부가가치세 부과처분과는 그 세목이나 과세단위를 달리하는 것이어서 이 사건 부가가치세 부과처분에 관한 조세심판원의 위 결정이 위 법인세 증액경정 처분의 근거가 되는 특례제척기간 규정상의 결정에 해당한다고 볼 수 없으므로, 피고는 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호에 따른 특례제척기간을 적용하여 위 법인세 증액경정 처분을 할 수는 없다. 따라서 위 법인세 증액경정 처분은 위법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

– 다른세목 적용(동일 과세기간 한정)

– 다른 과세기간 적용(동일세목 한정)

<대법원2008두3906, 2008.05.15., 국패>

국세심판원 결정에 따라 부과제척기간의 특례기간을 적용하여 1년이내 재 고지한 처분은 동 특례규정이 납세자만을 위하여 적용되는 편면적 규정이 아니라는 점에서 적법하나 불이익변경금지 원칙에 반하므로 위법한 결정임

□ 판결 등이 확정된 경우 1년 내라 하여도 판결과 무관한 새로운 결정이나 증액은 불가함

<대법원2004두11459, 2005.02.25., 국패>

부과제척기간이 경과하였더라도 행정소송법에 의한 소송에 대한 판결 등이 확정된 날부터 1년이 경과되기 전까지는 당해 판결 등에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있다. 위 조항의 문언 상 과세권자로서는 당해 판결 등에 따른 경정결정이나 그에 부수되는 처분만을 할 수 있을 뿐, 판결 등이 확정된 날로부터 1년 내라 하여 판결 등에 따르지 아니하는 새로운 결정이나 증액경정결정까지도 할 수 있는 것은 아니다.

<대법원2015두1717, 2015.07.09., 국승>

납세자가 항고소송 등 불복절차를 통하여 당초의 과세처분을 다투고 있는 경우에 과세관청이 납세자의 불복내용의 전부 또는 일부를 받아들여 당초의 과세처분을 감액경정하거나 취소하는 것은 그 불복절차의 계속 중 언제든지 가능함

□ 특례제척기간 적용시 납부불성실가산세는 당초 처분일까지만 부과되어야 함

<서울고등법원206나61033, 2007.05.09., 국패>

피고가 이 사건 판결 취지에 따른 절차상의 하자를 치유하면서 감액･경정처분보다 납부불성실가산세를 33,227,870원 더 증액하여 부과한 부분은 국세기본법에서 정한 부과권의 범위를 벗어나 결국 그 제척기간이 경과한 후에 부과된 것으로서 무효로 봄이 상당하므로 재고지결정 처분시 납부불성실가산세는 당초 처분일까지만 부과되어야 함