<대법원2015두1984, 2017.12.13., 일부국패, 완료>

(합병의 유가증권 양도 여부 관련)

① 합병에 따른 자산의 이전도 양도차익이 실현되는 자산의 양도에 해당한다고 보아 그 양도차익의 산정방법을 법으로 규정하면서, 예외적으로 일정한 요건을 갖춘 경우에 한하여 피합병법인의 대가로 받은 주식의 액면가액을 양도대가로 의제함으로써 사실상 양도차익이 산출되지 않도록 하여 합병법인이 해당 자산을 처분하는 시점까지 그에 대한 과세를 이연하는 정책적 특례를 제공하고 있다. 그렇지만 외국법인의 경우에는 구 법인세법 제93조 제10호 가목 등에서 내국법인이 발행한 주식 등의 양도로 인하여 발생하는 소득을 과세대상으로 규정하고 있을 뿐 외국법인 사이의 합병에 따른 주식 등의 이전에 대하여 과세를 이연하는 정책적 특례규정을 두고 있지 아니하다. 그리고 외국법인 사이의 합병에 따른 국내 자산의 이전을 내국법인 사이의 합병에 따른 국내 자산의 이전과 달리 양도차익이 실현되는 자산의 양도로 보지 않을 합리적인 이유도 없다.

② 따라서 외국법인 사이의 합병에 따른 내국법인 발행주식의 이전은 양도차익이 실현되는 자산의 양도로서 법인세법 제93조 제10호 가목의 ‘주식의 양도’에 해당한다고 보아야 하며, 이와 같이 보는 이상 합병법인이 합병 전에 피합병법인의 주식 전부를 보유하고 있는 경우라고 하여 달리 볼 것이 아니며 또한 위 경우 합병법인의 주식이나 합병교부금이 피합병법인 주주에게 교부되지 아니하였다 하더라도 마찬가지이다. 더불어 합병으로 인한 주식의 이전이 구 증권거래세법에서 말하는 ‘주권의 양도’에 해당하지 아니한다고 볼 이유도 없다(대법원 2013.11.28.선고 2010두7028판결참조).

(가산세 관련)

이 사건 각 납세고지서에는 가산세의 종류 또는 산출근거 등 관계 법령에서 요구하는 기재사항을 누락한 하자가 있고 달리 그 하자가 보완되었거나 치유되었다고 볼 사정이 없으며, 나아가 원고가 이 사건 법인세 및 증권거래세에 대한 신고·납부의무를 이행하지 아니한 데에 있어

① 외국법인의 합병에 의한 주식 이전에 대한 법인세 및 증권거래세를 부과할 것인지 여부를 두고 하급심 판례와 대법원 판례가 달라 세법해석상 논란이 있었으며, 상장주식이 이 사건에 대하여 피고가 제척기간이 임박해서야 법인세 및 증권거래세를 부과한 것은 피고 스스로도 법인세 및 증권거래세를 부과할 수 있다는 사실을 인지하지 못하였기 때문으로 보이는 점

② 증권거래세에 관하여는 과세관청이 상법상 합병으로 인한 주식의 이전이 증권거래세 과세대상이 아니라고 수차례 예규를 통해 의견을 제시하였는바, 권고로서는 위 예규가 외국법인의 합병에 대하여도 적용된다고 생각할 여지가 있다고 보이는 점(조심2014서3772, 2015.1.2.참조)

③ 피고도 법령의 해석에 논란의 여지가 있어 5년의 부과제척기간이 완성되기 직전에 비로소 이 사건 증권거래세를 부과하였는데 납부를 해태한 기간 전부에 대한 고율의 납부불성실가산세를 부과하는 것은 원고에 대한 지나치게 가혹한 점 등을 고려하면,

원고가 그 의무를 게을리한 데에 정당한 사유가 있었다고 볼 여지가 많으므로 이 건 가산세는 위법하다.