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[세무조사대응] 특수관계거래 – 공동 매입 매출
ilhwan9999
2024-12-28
제5절   공동매입・매출

 

1. 공동매입
 
□ 법인세법 제26조(과다경비 등의 손금불산입)

다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 인건비

2. 복리후생비

3. 여비(旅費) 및 교육・훈련비

4. 법인이 그 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 경영함에 따라 발생되거나 지출된 손비

5. 제1호부터 제4호까지에 규정된 것 외에 법인의 업무와 직접 관련이 적다고 인정되는 경비로서 대통령령으로 정하는 것

 

 

법인이 해당 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생되거나 지출된 손비 중 아래의 기준에 따른 분담금액을 초과하는 금액은 해당 법인의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다(법령§48①).

∙ 공동경비 분담기준 ∙
구분 분담액 산출기준
출자에 의하여 특정사업을 공동으로 영위하는 경우 출자총액 중 당해 법인이 출자한 비율
비출자공동사업자가 지출하는 비용 경제적 연관관계 등이 있는 경우 1. 직전사업연도 또는 해당 사업연도의 매출액과 총자산가액 중 법인이 선택한 것

2. 공동행사비 및 공동구매비 등은 참석인원수・구매금액으로 선택가능

그 외 약정한 분담비율
 

 

 

법인세법 시행령 제48조 제1항에서 규정하는 ‘동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 경영(영위)함’의 의미는 다수의 회사가 하나의 동일한 조직을 구성하거나 동일한 종류의 사업을 공동운영함으로써 발생하는 비용만을 의미하는 것이 아니라, 나아가 어느 회사 소속 경영기획실의 운영에 소요된 경비 등이 그룹 내 관계회사들의 업무를 조정하고 지원하는 업무를 수행하는 경우에 그 부서의 운영에 소요된 경비를 그룹의 공동경비에 해당하는 것으로 볼 수 있는 것이다.

 

1.1 공동인건비

공동조직에 대한 인건비를 매출액 기준으로 배분하는 경우 부가가치세 과세대상에 해당되지 않으므로 세금계산서를 발행하지 않도록 주의해야 한다.

 
□ 공동조직의 인건비를 매출액 기준으로 정산하는 경우 부가가치세 과세대상에 해당하지 않음

<서면2018법령해석부가3196, 2019.01.30.>

제조업을 영위하는 두 법인이 공통업무를 수행하기 위한 공동조직을 운영하면서 해당 공동조직에서 발생한 인건비를 매출액 기준에 따라 정산하는 경우 해당 정산금은 「부가가치세법」 제4조에 따른 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니하는 것임

 

 

공동인건비 초과부담분의 손금불산입에 대한 최신 조세심판례는 아래와 같다.

 
□ 그룹 공동업무 관련 인건비 중 청구법인의 부담분을 초과하여 지급한 금액에 대하여 손금불산입한 처분은 정당함

<조심2023서0412, 2023.09.06., 기각>

경영기획팀, 법무감사팀 등에 대한 인건비 등 경비를 청구법인과 계열사들 간의 공동경비로 보아 청구법인의 초과부담분(쟁점비용)을 산정하여 이를 손금불산입하고 법인세를 부과한 처분이 부당하다고 주장하나,

① 청구법인은 기획・점검부서인 경영기획팀, 법무감사팀을 비롯하여 비서실을 운영하면서 그룹 공통의 이익을 위해 관련 업무를 수행해 온 것으로 보이는 점,

②청구법인은 2018년 5월 그룹의 지주사로 전환되기 이전까지는 그룹의 지주회사에 해당하지 아니하고, 이와 같은 그룹지주사의 부재 하에서 그룹전체업무를 지원하기 위한 부서가 필요한 것으로 보이는 점,

③ 처분청의 심리자료 등에 따르면 청구법인이 경영기획팀 등을 통해 그룹 관계회사들의 업무를 조정・관리한 것으로 나타나는 점 등에 비추어

청구법인의 경영기획팀, 법무감사팀, 비서실의 인건비 등 경비를 청구법인 과 계열사들 간의 공동경비로 보아 청구법인 초과부담분(쟁점비용)을 손금불산입한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

 

 

1.2 공동매입

2이상의 사업자가 다른 사업자로부터 재화 또는 용역 등을 공동으로 공급받은 경우로서 당해 재화 등에 대한 세금계산서를 대표사 명의로 발급받은 경우에는 그 대표사가 공동매입의 구성원에게 각각의 지분비율에 따라 세금계산서를 발급할 수 있다.

 
□ 용역 등을 공동으로 공급받고 대표사 명의로 세금계산서를 발급받은 경우 대표사가 각각의 지분비율에 따라 세금계산서를 재발급하는 것임

<부가가치세과-926 , 2013.10.08.>

2이상의 사업자가 다른 사업자로부터 재화 또는 용역 등을 공동으로 공급받은 경우로서 당해 재화 등에 대한 세금계산서를 대표사 명의로 발급받은 경우에는 같은 법 시행령 제69조제14항에 따라 그 대표사가 공동매입의 구성원에게 각각의 지분비율에 따라 세금계산서를 발급할 수 있는 것임

 

 

과세관청이 공동매입에 해당하므로 초과부담분을 손금불산입해야 한다고 한 건에 대하여 납세자의 의견을 인용한 건 및 공동비용이 아닌 상표권에 대한 사용료라고 본 최신 조세심판례는 아래와 같다.

 
□ 기부채납액을 공사면적을 기준을 안분하여 산출한 금액보다 초과하여 지급하였더라도 정당한 사유가 있으면 초과납부액으로 볼 수 없음

<조심2020인8454, 2022.03.11., 인용>

공사현장 기부채납
a-1

(청구법인 A)

a-1 면적분

(청구법인 부담)

a-2

(특수관계인 B)

a-2 면적분

(청구법인 부담)

 

처분청은 특수관계인인 B가 청구법인과 함께 도시기반시설을 조성하는 도시계획시설 사업시행자로 지정되었으므로 청구법인이 B가 부담하여야 할 비용을 대신 부담하여 부당행위계산부인규정의 적용대상에도 해당한다는 의견이나,

① 건축허가권자인 OO시가 청구법인에게 도시기반시설에 대한 기부채납의무를 부여하였던 사정은 앞서 살펴본 바와 같은 점,

② 반면 B는 2014년 9월 이사회결의를 통해 지식산업센터 건축・분양사업을 포기하고 공장부지를 매각하기로 결정하였고, 2016.04.04. 도시계획시설 사업시행자로 지정된 이후인 2017.04.28. 도시기반시설 부지를 청구법인에게 매각하여 사실상 도시기반시설 사업시행자에 해당하지도 아니하는바, B가 2016.04.04. 도시기반시설 사업시행자로 지정된 것은 국토계획법상 도시・군계획시설 사업시행자의 요건을 충족하기 위해 B의 명의를 포함한 것에 불과해 보이고, 토지를 소유하고 있다는 사실만으로 B에게 기부채납의무가 생긴다고 보기도 어려운 점,

③ B는 사업시행을 포기하고 소유 토지를 매각하기로 한 후, 특수관계법인인 청구법인의 사업시행을 위해 토지사용승낙, 기부채납 대상토지 제3자 매각보류, 사업시행인가 동의 등의 편의를 제공한 것으로 보이고(해당 대가는 상승한 토지가액으로 보상되었을 것으로 보임), 오히려 사업을 시행하지도 않음에도 기부채납을 하는 경우 청구법인의 사업을 위한 비용을 대신 부담하게 되는 것으로 보이는 점,

④ 청구법인이 쟁점기부채납안분액을 부담하더라도 사업을 추진하는 것이 청구법인의 이익이 된다는 사정을 감안하면 청구법인이 쟁점기부채납안분액을 부담하고 사업을 진행하였다고 하여 이를 곧바로 경제적 합리성이 결여된 행위라고 보기 어려운 점 등에 비추어

청구법인이 쟁점기부채납안분액을 부담한 것이 부당행위계산부인규정의 적용대상에 해당한다고 보기 어렵다고 판단된다.

 

□ 쟁점상표권 사용료를 공동비용으로 보아 매출액을 기준으로 안분한 금액을 초과한 금액을 손금불산입한 처분은 부당함

<조심2020서8603, 2022.10.06., 인용>

처분청은 쟁점사용료를 상표권 사용료가 아닌 BBB 전략경영본부의 운영경비를 분담하기 위한 것이라는 의견이나,

① KK상표는 BBB가 상표권자로 등록되어 있으므로 상표권 사용계약의 실질을 부정할 경우 청구법인의 KK상표 사용권원이 설명되지 않는 점,

② BBB는 2010.02.26. 청구법인을 포함한 계열사에 ‘상표권 사용계약’을 해지하고 ‘전략경영본부 발생비용 그룹사 배분합의 계약’으로 전환하자고 하였으나 계열사들이 반대하자 ‘상표권 사용계약’을 그대로 유지하기로 한 점,

③ 청구법인은 DDD가 2012.02.17. 및 2012.03.15. 청구법인을 포함한 계열사들에게 상표사용료 지급청구를 하자, BBB으로부터 KK상표의 사용을 허락 받아 사용료를 지급하고 있고, DDD 또한 2007.05.01.자 “상표사용계약서”에서 KK상표의 진정한 소유자를 BBB으로 인정하였으며,

⑤ DDD은 2007.05.01. BBB과 “상표사용계약”을 체결하여 BBB에 사용료를 지급하면서도 청구법인을 비롯한 계열사에게는 5년여간 사용료를 청구한 적이 없다는 점 등을 이유로 상표사용료 지급요청을 거절한 점,

⑥ AAA 계열사들의 워크아웃 신청과 관련하여, 청구법인은 2010년 1월부터 채권단 관리하에 자율협약을 시작한 후 2014년 12월 이를 졸업할 때까지 KK상표 사용대가를 지급하였고, 전략경영본부가 해체된 이후에도 KK상표 사용대가를 계속하여 지급한 점,

⑦ DDD 관련 심판례는 DDD가 KK상표의 공동상표권자이므로 BBB에게 상표권 사용료를 지급할 수 없고 공동상표권자로서 상표권 개발・유지 업무를 BBB과 공동으로 할 의무가 있으므로 DDD가 BBB에게 지급한 상표권 사용료의 실질을 공동비용으로 볼 수 있으나, 청구법인의 경우 KK상표의 상표권자에 해당하지 아니하므로 동 상표를 사용하기 위해서는 BBB과 상표사용계약을 반드시 체결해야만 하고 실제 상표 사용계약을 체결하고 그 사용 대가를 지급한 것이므로 사실관계가 다른 점 등에 비추어 볼 때,

쟁점사용료는 청구법인이 BBB과의 OOO상표 사용계약에 따라 지급한 대가로 봄이 타당하다.

 

 

 

2. 공동매출

공동매출 관련 국세청 예규는 아래와 같다.

 
□ 공동수급약정한 경우 그 구성원에게 대표회사가 매입세금계산서를 받고 전체 금액에 발주처에 세금계산서를 발행할 수 있음

<서면2018법령해석부가3393, 2019.06.05.>

민간투자시설의 관리운영사업(이하 “쟁점사업”)과 관련하여 사업시행자로부터 위탁을 받은 사업자 “갑”이 쟁점사업을 자신의 자회사인 “을”과 공동수급약정(이하 “약정서”)을 체결하여 사업시행자의 승인을 받은 경우

쟁점사업과 관련한 세금계산서의 발급은 공동사업체의 구성원(갑, 을) 각자가 사업시행자에게 자기가 공급한 용역에 대하여 각각 세금계산서를 발급하는 것이 원칙이나, 공동수급체의 대표자인 “갑”이 그 대가를 지급받아 공동수급체 구성원(갑, 을)이 공급한 용역에 따라 배분한 경우 「부가가치세법 시행령」 제69조 제14항을 준용하여 공동수급체의 구성원 “을”은 공동수급체의 대표자인 “갑”에게 세금계산서를 발급하고 “갑”은 사업시행자에게 세금계산서를 일괄하여 발급할 수 있는 것입니다.

 

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