<대법원2025두34254, 2025.12.04., 국패>

구 조세특례제한법(2017.12.19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것) 제63조의2는 제2항에서 지방이전법인에 대한 법인세 감면에 관하여 규정하고, 제7항에서 “제2항에따라 법인세를 감면받은 지방이전법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라계산한 세액을 법인세로 납부하여야 한다.”라고 규정하면서 그 사유 중 하나로 ‘수도권에 본사를 설치한 경우’(제3호)를 들고 있는데, 위 규정은 감면받은 세액을 그 사유가발생한 과세연도의 과세표준신고 기간 내에 신고납부하도록 정한 것으로 해석된다. 따라서 원고가 2017.07.05. 본점 소재지를 수도권으로 이전함에 따라 발생한 법인세 납부의무에 관한 부과제척기간 기산일은, 구 국세기본법 시행령 제12조의3 제2항 제3호의해석상 원고가 본점 소재지를 수도권으로 이전한 날인 2017.07.05.이 아니라 2017 사업연도 법인세 신고기한의 다음 날인 2018.04.01.로 보아야 한다. 그렇다면 이 사건 처분의 부과제척기간 만료일은 그로부터 5년이 지난 2023.03.31.이라 할 것인데, 과세예고통지가 이루어진 2022.06.21.로부터 위 부과제척기간 만료일까지의 기간이 3개월을 초과하므로, 이 사건은 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호에 따라 과세전적부심사를거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 해당하지 않는다. 결국 피고가 원고의 과세전적부심사 청구기간이 도과하기 전에 위 과세예고통지일과 같은 날 이 사건 처분을 한 것은 과세전적부심사의 기회를 침해한 것으로서 중대하고 명백한 하자에 해당한다.

□ 양도소득세 예정신고를 했어도 제척기간 기산일은 확정신고기한 다음날임

<대법원2017두40235, 2020.06.11., 국승>

거주자가 예정신고를 하지 않은 경우 관할세무서장은 확정신고기한이 도과하기 전이라도 예정신고기한 다음날부터 그 자산의 양도로 인한 양도소득세를 부과할 수 있다. 그러나 이는 예정신고제도의 입법 취지상 소득의 발생 초기에 세원을 조기에 확보할 수 있도록 부과･징수의 특례를 정한 것에 불과할 뿐이고, 그로 인하여 양도소득세의 부과제척기간이 당연히 예정신고기한의 다음날부터 진행된다고 볼 수는 없다.

따라서 기간과세의 원칙이 적용되는 양도소득세에 대하여 이 사건 기산일 조항이 양도소득세 확정신고를 하지 않을 수 있는 경우까지 포함하여 그 부과제척기간의 기산일을 확정신고기한 다음날로 일률적으로 정하고 있는 것은 모법이 예정하고 있는 범위 내에서 ‘국세를 부과할 수 있는 날’을 구체화한 것이다.

□ 계산서합계표제출불성실가산세의 제척기간 기산일은 법인세 신고기한 다음날임

<조심2017부3124, 2018.06.07., 기각>

국세기본법 제26조의2 제1항에서 국세를 ‘부과할 수 있는 날’을 해당 국세의 과세표준 신고기한의 다음 날로 명시하고 있는 점, 법인세법 제76조 제9항에서 계산서합계표제출불성실가산세는 법인세로 징수하여야 한다고 규정하고 있는 점 등에 비추어 계산서합계표제출불성실가산세의 국세부과제척기간 기산일은 법인세 신고한 다음날로 보아야 함

□ 원징징수의무자에 대한 제척기간 기산일은 원천징수세액의 법정납부기한의 다음날임

<서면2015징세1058, 2017.02.24.>

원천징수의무자에게 부과하는 경우 해당 원천징수세액의 법정납부기한의 다음날이 국세부과의 제척기간의 기산일이며, 근로소득자에게 부과하는 경우는 소득세 과세표준 신고기한(귀속연도 다음해 5월31일)의 다음날이 기산일임

□ 부과제척기간을 도과하여 수정신고·납부한 금액은 오납금으로 환급하여야 함

<조심2013서4626, 2015.03.04., 인용>

① 「국세기본법」 제51조 소정의 과오납금은 납부해야 할 세액보다 초과납부 하였거나 착오에 의하여 납부의무가 없는 세액을 납부한 경우 그 세액을 말하는 것으로 과납금은 조세의 납부시에는 이에 대응되는 확정된 조세채무가 존재하였으나 후에 불복에 대한 결정･판결이나 과세관청의 취소 결정 등의 사유로 채무가 소멸하게 된 경우에 생기는 세액을 말하고, 오납금은 납부시 이에 대응되는 조세채무가 존재하지 않거나 납부세액이 조세채무를 초과하는 경우에 생기는 세액을 말하는 것이며, 어떤 세액이 과오납금으로 확인된 경우 과세관청은 즉시 과오납금을 국세환급금으로 결정하여야 하는 점(국심 2007서5238, 2008.10.15. 조세심판관 합동회의, 같은 뜻임),

② 「국세기본법」 제26조 제1항 제2호 및 같은 법 제26조의2에서 국세부과제척기간이 도과한 경우 조세채무가 소멸하는 것으로 규정 하고 있는바, 조세채무가 소멸하면 과세관청이 부과권을 행사한다거나 납세자 및 과세관청이 과세표준 또는 세액을 변경하는 결정･경정도 할 수 없어 납세자가 납세의무를 부담할 법령상 근거가 있는 것으로 보기 어려울 뿐 아니라, 부과제척기간 경과 후 수정신고를 허용하는 경우 신고내용에 오류 또는 누락이 있더라도 이를 결정･경정하기 어렵고, 국세 관련 권리관계를 조속히 확정시키려는 부과제척기간의 취지에도 반하게 되는 점,

③ 부과제척기간이 경과하여 소멸된 납세의무가 수정신고를 하였다 하여 다시 성립한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점납부액은 부과제척기간을 도과한 과세기간분에 대한 세액으로서 오납금에 해당 하는 것으로 보이므로 「국세기본법」 제51조 제1항의 적용대상에 해당한다 할 것이다.

따라서, 처분청이 쟁점납부액에 대하여 환급을 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

□ 과세이연 받은 양도소득세를 부과할 수 있게 된 날이 부과제척기간 기산일임

<대법원2011두5124, 2011.06.10., 국승>

공장 이전에 따른 양도소득세의 과세이연의 경우와 같이 일정기간 동안 납세의무자가 과세이연 요건을 충족하는지 여부를 기다려야 하는 경우,

과세관청으로서는 납세의무자에게 바로 당해 양도소득세를 부과할 수는 없고 납세의무자가 과세이연 요건을 갖추지 못하였음이 확정되는 때에 비로소 이를 부과할 수밖에 없어 그만큼 과세권을 행사할 수 있는 기간이 축소되는 결과를 낳게 되므로, 이와 같은 경우 그 제척기간의 기산일은 납세의무자가 과세이연 요건을 갖추지 못하였음이 확정되어 과세관청이 당해 세금을 부과할 수 있게 된 때라고 보아야 할 것이다.